Perl en bioinformática Bruno Contreras-Moreira

Perl en bioinformática 

Bruno Contreras-Moreira 

• Presentación
• Fundamentos de Perl5 (1)
  • El lenguaje Perl5
    • El intérprete Perl (en el terminal)
    • Editores de texto y entornos de desarrollo integrados (IDEs)
    • Un primer programa
    • Cómo escribir tus programas
  • Sintaxis básica de Perl
  • Variables y tipos
    • Asignaciones a variables escalares
    • Asignaciones y consultas a arreglos o vectores
    • Asignaciones a tablas asociativas y consultas
    • Variables especiales de Perl
    • Ejercicio con variables
  • Operadores
  • Estructuras de control
    • Ejemplo de estructuras de control
  • Expresiones regulares
    • Ejercicios con expresiones regulares
      • Qué hace este trozo de código?
      • Ejercicio con enzimas de restricción
  • Biblioteca de funciones de Perl
    • Funciones sobre arreglos
    • Funciones sobre cadenas
    • Funciones sobre tablas asociativas
    • Funciones aritméticas
    • Ejercicios que requieren funciones de Perl
      • Alineamiento de secuencias y matrices de sustitución
      • Evaluando alineamientos de secuencias
      • Algoritmos genéticos: simulando mutaciones sobre cromosomas
  • Operaciones con archivos y directorios
    • Manejo de archivos
    • Manejo de directorios
    • Ejercicios que manejan archivos
      • Leyendo archivos Protein Data Bank (PDB)
      • Procesando resultados de BLAST
  • Entrada, salida y formateo de datos
    • Formateo de datos
  • Llamadas al sistema operativo
• Fundamentos de Perl5 (2)
  • Subrutinas y paso de parámetros
    • Declaración de subrutinas y alcance de las variables
      • Ejemplo de alcance de variables
    • Subrutinas que devuelven valores
    • Paso de parámetros por valor y por referencia
    • Funciones recursivas
    • Ventajas de usar subrutinas
    • Ejercicios con subrutinas
  • Estructuras de datos más complicadas
    • Arreglos de arreglos
    • Tablas de tablas, Hashes of hashes
    • Combinaciones de arreglos y tablas
    • Registros
    • Colas y pilas como arreglos
    • Grafos y árboles
    • Ejercicio con estructuras de datos
  • Objetos en Perl
    • Atributos e identidad de un objeto (con programación estructurada)
    • Métodos de un objeto (con programación estructurada)
    • Implementando una clase en Perl
  • Paquetes y módulos
    • Paquetes y módulos del intérprete Perl
    • CPAN
    • Creación de paquetes y módulos
    • Utilización de paquetes y módulos desde un programa
    • Ejercicio de creación de paquetes
    • Algunos paquetes y programas Perl útiles en aplicaciones bioinformáticas
      • Getopt::Std
      • LWP
      • XML y JSON
      • RemoteRestMap
      • GD::Graph
      • GraphViz
      • SOAP y web servicios
      • Otros módulos y programas
  • Limitaciones numéricas de Perl5
• DBI y BioPerl
  • DBI
    • Operaciones básicas con bases de datos relacionales
    • Conexión a una base de datos a través de la red
    • Manipulación de una base de datos con SQL
      • Sentencias SELECT
      • Otras sentencias
    • Ejercicios con DBI
  • BioPerl
• Introducción a Perl6
  • Perl5 desde Perl6
• Perl desde el terminal: one liners
  • Ejemplos generales
  • Algunas aplicaciones en Bioinformática
• Material de apoyo en Internet
• Sobre este documento...
• https://eead-csic-compbio.github.io/perl_bioinformatica/

• Presentación
• Material de apoyo en Internet
• Fundamentos de Perl (1)
  • El lenguaje Perl
    • El intérprete Perl, un terminal y un editor de texto
    • Un primer programa
    • Cómo escribir tus programas
  • Sintaxis básica de Perl
  • Variables y tipos
    • Asignaciones a variables escalares
    • Asignaciones a arreglos y consultas
    • Asignaciones a tablas asociativas y consultas
    • Variables especiales de Perl
    • Ejercicio con variables
  • Operadores
  • Estructuras de control
    • Ejemplo de estructuras de control
  • Expresiones regulares
    • Ejercicios con expresiones regulares
      • ¿Qué hace este trozo de código?
      • Ejercicio con enzimas de restricción
  • Biblioteca de funciones de Perl
    • Funciones sobre arreglos
    • Funciones sobre cadenas
    • Funciones sobre tablas asociativas
    • Funciones aritméticas
    • Ejercicios que requieren funciones de Perl
      • Alineamiento de secuencias y matrices de sustitución
      • Evaluando alineamientos de secuencias
      • Algoritmos genéticos: simulando mutaciones sobre cromosomas
  • Operaciones con archivos y directorios
    • Manejo de archivos
    • Manejo de directorios
    • Ejercicios que manejan archivos
      • Leyendo archivos Protein Data Bank (PDB)
      • Procesando resultados de BLAST
  • Entrada, salida y formateo de datos
    • Formateo de datos
  • Llamadas al sistema operativo
    • Ejercicios con llamadas al sistema operativo
• Fundamentos de Perl (2)
  • Subrutinas y paso de parámetros
    • Declaración de subrutinas y alcance de las variables
      • Ejemplo de alcance de variables
    • Subrutinas que devuelven valores
    • Paso de parámetros por valor y por referencia
    • Funciones recursivas
    • Ventajas de usar subrutinas
    • Ejercicios con subrutinas
  • Estructuras de datos más complicadas
    • Arreglos de arreglos
    • Tablas de tablas, Hashes of hashes
    • Combinaciones de arreglos y tablas
    • Registros
    • Colas y pilas como arreglos
    • Grafos y árboles
    • Ejercicio con estructuras de datos
  • Objetos en Perl
    • Atributos e identidad de un objeto (con programación estructura)
    • Métodos de un objeto (con programación estructura)
    • Implementando una clase en Perl
  • Paquetes y módulos
    • Paquetes y módulos del intérprete Perl
    • CPAN
    • Creación de paquetes y módulos
    • Utilización de paquetes y módulos desde un programa
    • Ejercicio de creación de paquetes
    • Algunos paquetes y programas Perl muy útiles
      • Getopt::Std
      • LWP
      • XML
      • RemoteRestMap
      • GD::Graph
      • RSPerl: invocar R desde perl
      • Algunos programas Perl muy útiles
    • Limitaciones numéricas de Perl
• BIOPERL y DBI
  • BIOPERL
    • Descargando Bioperl
    • Acceso remoto a bases de secuencias y BLAST
    • Ejercicios con Bioperl
      • Anotación automática de secuencias
  • DBI
    • Operaciones básicas con bases de datos relacionales
    • Conexión a una base de datos a través de la red
    • Manipulación de una base de datos con SQL
      • Sentencias SELECT
      • Otras sentencias
    • Ejercicios con DBI
• Otras aplicaciones de Perl en bioinformática
  • Manejo de datos de microarreglos
    • Ejercicio con datos publicados de microarreglos
  • Minería de datos biológicos
    • Ejercicio de extracción de palabras clave y frases importantes
  • Detección de genes
• Proyecto de trabajo por grupos: manipulación de bases de datos biológicas
  • Documento de requisitos
  • Documento de especificaciones
  • Escritura de código Perl
  • Pruebas de código e informe final
• Enlaces relacionados en Internet
• Bibliografía
• Índice de Materias
• Sobre este documento...

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