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sábado, 4 de septiembre de 2021

Sociedad Española de Bioinformática y Biología Computacional

 

¿Por qué una Sociedad Española de Bioinformática y Biología Computacional?

La Bioinformática y la Biología Computacional (BBC) conforman ambas una disciplina científica emergente que se ocupa de la adquisición, almacenamiento, procesamiento, distribución, análisis e interpretación de información biológica, mediante la aplicación de técnicas y herramientas de las matemáticas, de la biología y de la informática, con el propósito de comprender los sistemas biológicos a partir de una gran variedad y volumen de datos. Esta área de investigación se caracteriza por ser multidisciplinar, aunando conocimientos de la informática o la biología, así como de la matemática, la física, la ingeniería, la química o la medicina.

Como disciplina científica que es, la Bioinformática ha construido desde sus primeros pasos a finales del siglo XX todo un cuerpo metodológico propio y ha desarrollado programas de formación ad-hoc en los que de manera gradual se han ido estableciendo las características de la bioinformática como profesión.

Del mismo modo que la International Society of Computational Biology (ISCB) ha sido uno de los principales motores de esta transformación a nivel mundial, la comunidad científica española en Bioinformática y Biología Computacional quiere asumir las responsabilidades que le atañen en la construcción de este nuevo futuro a nivel nacional. Es por ello que, impulsados por un grupo de trabajo constituido por representantes de los principales grupos de Bioinformática del país, hemos decidido constituir legalmente una Sociedad integradora de profesionales, sociedades y asociaciones científicas relacionadas con la Bioinformática y la Biología Computacional, con el objeto de representar a este colectivo, promover sus logros y determinar y defender sus intereses.

Tras una reunión de constitución celebrada el 8 de septiembre de 2020 y en la que participaron los socios fundadores, la sociedad se inscribió en el registro nacional de asociaciones (RNA), sección 1, número nacional 621841, el día 6 de abril de 2021.

¿Quiénes somos?

Junta directiva (en funciones):

Presidenta: Ángela del Pozo (IdiPaz)

Vicepresidente: Salvador Capella (BSC)

Secretaria: Fátima Sánchez Cabo (CNIC)

Tesorera: Isabel Cuesta (ISCIII)

Presidente honorífico: Alfonso Valencia (BSC)

https://sebibc.es/ 

https://sebibc.es/fines/

Sociedad Española de Bioinformática y Biología Computacional 

A) Definir las características específicas de la profesión para ejercer la Bioinformática y la Biología Computacional

B) Reivindicar dichas disciplinas como áreas de conocimiento con entidad propia

C) Servir de punto de encuentro a las personas que desarrollan su actividad en Bioinformática o Biología Computacional en el territorio nacional

D) Ser un órgano consultivo de referencia a aquellas entidades públicas y privadas que precisen información en el ámbito de la Bioinformática y la Biología Computacional.

Actividades

  1. Establecer grupos en diferentes áreas territoriales para facilitar la comunicación a nivel local y poder articular dinámicas de colaboración fluidas.
  2. Constituir comisiones y grupos de trabajo en torno a intereses y ámbitos temáticos comunes dentro de los fines y objetivos de la sociedad.
  3. Establecimiento, realización y ejecución de sistemas de control de calidad y certificación de los análisis y desarrollos bioinformáticos en sus distintas aplicaciones.
  4. Apoyar, impulsar y fomentar el desarrollo de reuniones, actividades sociales y/o académicas a nivel local y nacional, colaborando en su organización o mediante su apoyo económico.
  5. Asesorar en la definición del programa académico de grado y postgrado del profesional en bioinformática, así como avalar la excelencia docente.
  6. La SEBBC celebrará una reunión científica de carácter nacional en un intervalo no superior a dos años.
  7. Colaboración con otras sociedades científicas afines mediante la organización y participación en reuniones de grupos interdisciplinares que permitan el avance en el conocimiento científico.
  8. Organización de actividades de difusión del trabajo de los bioinformático/as y biólogos/as computacionales en ámbitos que involucren instituciones públicas y privadas, sociedades científicas, grupos de divulgación y periodismo científico, diversas asociaciones benéficas y culturales, empresas privadas, corporaciones, mecenas, así como otros grupos afines.
  9. Interactuar con los medios de comunicación en nombre de SEBBC cuando sea requerido o a petición externa siempre que se considere oportuno.
  10. Promover la participación de miembros de la sociedad en los paneles de expertos evaluadores de las diferentes agencias de financiación pública o privada.
  11. Encontrar fuentes de financiación para la organización de los diversos proyectos y actividades afines a nuestros objetivos: seminarios, simposios, premios, becas, ayudas de movilidad, etc., que serán promovidos y aprobados por la Junta Directiva.
  12. Identificar potenciales miembros protectores y/o patrocinadores e impulsar y articular la relación de la SEBBC con los mismos.
  13. Desarrollar una página web que agrupe la información de la SEBBC y que sirva como canal principal de difusión y comunicación de sus actividades con sus miembros y resto de la sociedad.
  14. Llevar a cabo los pasos requeridos para que la SEBBC sea admitida como sociedad afiliada al ISCB.

 

 

viernes, 3 de septiembre de 2021

Planarian Regeneration Model Discovered by Artificial Intelligence

 

Planarian Regeneration Model Discovered by Artificial Intelligence

Robot science does more than just crunch numbers
 

MEDFORD/SOMERVILLE, Mass. (June 4, 2015)--An artificial intelligence system has for the first time reverse-engineered the regeneration mechanism of planaria—the small worms whose extraordinary power to regrow body parts has made them a research model in human regenerative medicine.

The discovery by Tufts University biologists presents the first model of regeneration discovered by a non-human intelligence and the first comprehensive model of planarian regeneration, which had eluded human scientists for over 100 years. The work, published in the June 4, 2015, issue of PLOS Computational Biology, demonstrates how "robot science" can help human scientists in the future.

In order to bioengineer complex organs, scientists need to understand the mechanisms by which those shapes are normally produced by the living organism. However, a significant knowledge gap persists between molecular genetic components identified as being necessary to produce a particular organism shape and understanding how and why that particular complex shape is generated in the correct size, shape and orientation, said the paper’s senior author, Michael Levin, Ph.D., Vannevar Bush professor of biology and director of the Tufts Center for Regenerative and Developmental Biology. 

"Most regenerative models today derived from genetic experiments are arrow diagrams, showing which gene regulates which other gene. That's fine, but it doesn’t tell you what the ultimate shape will be. You cannot tell if the outcome of many genetic pathway models will look like a tree, an octopus or a human," said Levin. "Most models show some necessary components for the process to happen, but not what dynamics are sufficient to produce the shape, step by step. What we need are algorithmic or constructive models, which you could follow precisely and there would be no mystery or uncertainty. You follow the recipe and out comes the shape."

Such models are required in order to know what triggers could be applied to such a system to cause regeneration of particular components, or other desired changes in shape. However, no such tools yet exist for mining the fast-growing mountain of published experimental data in regeneration and developmental biology, said the paper's first author, Daniel Lobo, Ph.D., post-doctoral fellow in the Levin lab.

To address this challenge, Lobo and Levin developed an algorithm that would use evolutionary computation to produce regulatory networks able to "evolve" to accurately predict the results of published laboratory experiments that the researchers entered into a database.

"Our goal was to identify a regulatory network that could be executed in every cell in a virtual worm so that the head-tail patterning outcomes of simulated experiments would match the published data," Lobo said.

 

Tufts biologists devloped an algorithm that used evolutionary computation to produce regulatory networks able to "evolve" to accurately predict the results of published research on planarian regeneration.Tufts biologists devloped an algorithm that used evolutionary computation to produce regulatory networks able to "evolve" to accurately predict the results of published research on planarian regeneration.

As expected, the initial random regulatory networks usually could not produce any of the experimental results. New candidate networks were generated by randomly combining previous networks and performing random changes, additions and deletions. Each candidate network was tested in a virtual worm, under simulated experiments. The algorithm compared the resulting shape from the simulation with real published data in the database. As evolution proceeded, gradually the new networks could explain more experiments in the database comprising most of the known planarian experimental literature regarding head vs. tail regeneration.

First Regenerative Model Discovered by Artificial Intelligence

The researchers ultimately applied the algorithm to a combined experimental dataset of 16 key planarian regeneration experiments to determine if the approach could identify a comprehensive regulatory network of planarian generation. After 42 hours, the algorithm returned the discovered regulatory network, which correctly predicted all 16 experiments in the dataset.  The network comprised seven known regulatory molecules as well as two proteins that had not yet been identified in existing papers on planarian regeneration.

"This represents the most comprehensive model of planarian regeneration found to date. It is the only known model that mechanistically explains head-tail polarity determination in planaria under many different functional experiments and is the first regenerative model discovered by artificial intelligence," said Levin.

Lobo and Levin are both trained in computer science and bring an unusual perspective to the field of developmental biology. Levin majored in computer science and biology at Tufts before earning his Ph.D. in genetics. Lobo earned a Ph.D. in the field before joining the Levin lab.

The paper represents a successful application of the growing field of "robot science" – which Levin says can help human researchers by doing much more than crunch enormous datasets quickly.

"While the artificial intelligence in this project did have to do a whole lot of computations, the outcome is a theory of what the worm is doing, and coming up with theories of what's going on in nature is pretty much the most creative, intuitive aspect of the scientist’s job," Levin said. "One of the most remarkable aspects of the project was that the model it found was not a hopelessly-tangled network that no human could actually understand, but a reasonably simple model that people can readily comprehend. All this suggests to me that artificial intelligence can help with every aspect of science, not only data mining but also inference of meaning of the data."

This work was supported with funding from the National Science Foundation grant EF-1124651, National Institutes of Health grant GM078484, USAMRMC grant W81XWH-10-2-0058, and the Mathers Foundation. Computation used the Extreme Science and Engineering Discovery Environment (XSEDE), which is supported by NSF grant OCI-1053575, and a cluster computer awarded by Silicon Mechanics.

Lobo D, Levin M (2015) Inferring Regulatory Networks from Experimental Morphological Phenotypes: A Computational Method Reverse-Engineers Planarian Regeneration. PLOS Comput Biol, 11(6): e1004295. doi:10.1371/journal.pcbi.1004295.

Tufts University, located on three Massachusetts campuses in Boston, Medford/Somerville and Grafton, and in Talloires, France, is recognized among the premier research universities in the United States. Tufts enjoy a global reputation for academic excellence and for the preparation of students as leaders in a wide range of professions. A growing number of innovative teaching and research initiatives span all Tufts campuses, and collaboration among the faculty and students in the undergraduate, graduate and professional programs across the university's schools is widely encouraged.

Image credit: Daniel Lobo/Tufts University

The content of this release is solely the responsibility of the authors and does not necessarily represent the official views of the funders.

https://now.tufts.edu/news-releases/planarian-regeneration-model-discovered-artificial-intelligence?fbclid=IwAR0IiX_CC3atsqfB9TL4P3arhXMDVTO649tY8ON42NSsZOUq6gdTR1fBp4Q

 
"La ciencia está sujeta a la ética. Vemos esto de la manera más incontrovertible en las restricciones que imponemos a la búsqueda de conocimiento para proteger tanto a sujetos de investigación humanos como animales. La pronta aceptación de estas restricciones deja claro que la búsqueda del conocimiento científico no es un valor absoluto o primordial.
Si esto es así, si la búsqueda del conocimiento científico puede ser adecuadamente restringido para proteger los intereses incluso de un ratón, se convierte en difícil argumentar en principio que los científicos tienen el derecho absoluto de buscar conocimiento en cualquier campo, independientemente de las consecuencias sociales que tendrá adquirir ese conocimiento. Al menos, este argumento no puede basarse sobre algún derecho inherente a la libre investigación que prevalece sobre otros derechos o intereses de la sociedad o de los individuos. Sin embargo, hay argumentos pragmáticos muy fuertes en contra de decir que hay algunas cosas que no deberíamos buscar saber.
[…]
Concluyo que la ciencia se considera propiamente como subordinada a la ética, y la protección de los sujetos de investigación tanto humanos como animales debe tener prioridad sobre los deseos de los científicos de realizar tipos particulares de investigación. Pero debemos distinguir entre evitar que los científicos realicen experimentos particulares que perjudiquen a los sujetos del experimento y el bloqueo de áreas enteras de investigación científica con el argumento de que investigarlos —por cualquier medio— tendrá consecuencias sociales dañinas. En general, las consecuencias sociales de intentar poner áreas de conocimiento más allá de nuestro alcance serán peores que las consecuencias de adquirir el conocimiento y hacer todo lo posible para que se utilice de forma responsable."
PETER SINGER, "Ethics and the Limits of Scientific Freedom", The Monist, vol. 79, no. 2, pp. 218-229.

Docencia microbiologia

 

Docencia microbiologia


En esta página encontrarás todo tipo de recursos docentes (webs, fotografías, imágenes, …) para tus clases de microbiología. Si tienes alguna sugerencia no dejes de compartirla. (Fecha de última actualización: septiembre de 2021)

  • Aquí tienes acceso a todas las clases vía twitter del curso #microMOOCSEM de la Sociedad Española de Microbiología.
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 Comienza el curso con un resumen de toda la microbiología en 13 min y 50 seg: vídeo TEDx El asombroso mundo de lo invisible.

 La manera más dulce de explicar la estructura de un virus.

 Aquí tienes una web con unos GIF muy chulos de alguna de las bacterias más patógenas: 

Sobre células y protistas

Sobre inmunología y vacunas

Sobre DNA y genomas



https://microbioblog.es/recursos-docentes

Ignacio López-Goñi.

 

Estamos más cerca de resolver uno de los mayores desafíos de la fusión nuclear: la estabilización del plasma a 150 millones de ºC

Estamos más cerca de resolver uno de los mayores desafíos de la fusión nuclear: la estabilización del plasma a 150 millones de ºC 

Para que el reactor de DEMO (DEMOnstration Power Plant) consiga demostrar la viabilidad comercial de la fusión nuclear durante la década de los 50 es imprescindible que los técnicos logren resolver varios retos. Uno de los de mayor envergadura consiste en desarrollar los materiales que será necesario utilizar en la construcción del reactor nuclear de DEMO. Este es el desafío al que se enfrenta el proyecto IFMIF-DONES (International Fusion Materials Irradiation Facility DEMO-Oriented NEutron Source).

El otro gran escollo que pone ante nosotros esta forma de obtención de energía requiere que encontremos la manera de estabilizar el plasma que actúa como combustible para evitar que degrade el manto, la cámara de vacío y otros componentes del reactor. Lograrlo sin mermar el rendimiento de la reacción de fusión nuclear no es sencillo, especialmente si tenemos presente que la interacción entre los núcleos de deuterio y tritio que contiene el plasma tiene lugar a una temperatura cercana a los 150 millones de grados centígrados.

Estabilizar la sopa de partículas que contiene el plasma a 150 millones de grados centígrados sin degradar el rendimiento de la reacción es un auténtico desafío

Actualmente varios grupos de investigación están trabajando en esta área, y la afrontan utilizando varias estrategias diferentes. Uno de los descubrimientos recientes más interesantes nos invita a ser moderadamente optimistas debido a que los núcleos de helio-4 ionizados que resultan de la fusión de los núcleos de deuterio y tritio, junto al neutrón que sale despedido hacia las paredes del contenedor con una energía de unos 14 MeV, tienen un efecto estabilizador sobre la zona periférica del plasma.

Un grupo de investigadores del MIT también ha realizado una contribución muy interesante en esta área. Propone utilizar en los imanes del reactor un nuevo material superconductor conocido como YBCO (Yttrium-Barium-Copper Oxide) que combina óxido de itrio, bario y cobre, y que persigue generar un campo magnético sensiblemente más intenso que el que producen los imanes convencionales. Y hace tan solo unos días el MIT, Princeton y otras instituciones estadounidenses nos han sorprendido con una contribución conjunta que aspira a marcar la diferencia en las estrategias de estabilización del plasma.

El modo Super-H puede ayudarnos a resolver uno de los grandes retos de la fusión nuclear

Los modelos con los que trabajan los investigadores reflejan que una manera eficaz de evitar que la altísima temperatura del plasma dañe el manto, que es la cobertura interior de la cámara de vacío, y, sobre todo, el divertor, que es la estructura de acero y tungsteno que da forma a la base de la cámara de vacío, consiste en refrigerar sus capas externas. El problema es que no es fácil hacerlo sin degradar perceptiblemente la reacción de fusión que tiene lugar en el núcleo del gas.

El modo Super-H propone incrementar la temperatura y la presión en las capas más externas del plasma para provocar que la producción de energía en la región interior sea mayor

El modo Super-H propone incrementar la temperatura y la presión en las capas más externas del plasma para provocar que la producción de energía en la región interior sea mayor. Pero hacerlo requiere refrigerar la zona del gas más próxima al divertor. Los investigadores han intentado hacerlo inyectando gases en el plasma que ejercen el efecto refrigerante buscado, pero han tropezado con un problema: estos gases acaban siendo transportados desde la región exterior hacia el núcleo del gas, y el rendimiento de la reacción se degrada perceptiblemente.

Divertor
El enorme componente que podemos ver en esta fotografía es solo una de las 54 piezas idénticas que dan forma a la base de la cámara de vacío del reactor. El divertor soporta el bombardeo de los neutrones de alta energía del plasma, transformando su energía cinética en calor.

Afortunadamente, hace unos días han comunicado que han dado con una solución muy prometedora a este desafío que consiste en inyectar nitrógeno en el plasma, actuando simultáneamente sobre el campo magnético generado por los imanes del reactor para controlar la forma del gas y atenuar su impacto sobre el divertor. Esta estrategia tiene un efecto refrigerante en la periferia del plasma sin degradar significativamente el rendimiento de la reacción en el núcleo del gas.

Los responsables de ITER han recibido esta noticia con los brazos abiertos debido a que este enfoque puede tener un impacto muy positivo en la puesta a punto del reactor de fusión nuclear que está siendo construido en la localidad francesa de Cadarache. No obstante, es probable que los reactores de fusión comerciales que, en teoría, llegarán después de DEMO, combinen varias de las estrategias de estabilización del plasma de las que hemos hablado en este artículo. Y, quizá, alguna más que posiblemente está por llegar. La fusión nuclear sigue su curso con un propósito claro: afrontar su incursión comercial en la década de los 60.

Imágenes | General Atomics | ITER

 

https://www.xataka.com/investigacion/estamos-cerca-resolver-uno-mayores-desafios-fusion-nuclear-estabilizacion-plasma-a-150-millones-oc?fbclid=IwAR0r0K7se9jUXedAkFrtEFKRaxW_oxPXVqR0YCje0k3hSz38OwVyg9V1b78

 

¿Explicar o predecir?

 

¿Explicar o predecir?

Cómo los algoritmos de inteligencia artificial están cambiando la metodología científica.

Durante siglos, la ciencia ha desempeñado un papel fundamental en el florecimiento de la civilización gracias a su capacidad para dotarnos de una explicación acerca de cómo funciona el mundo y para anticipar las consecuencias de un curso causal determinado. Explicación cabal y prognosis eficiente son, en suma, las dos palabras clave que caracterizan los principales activos de la ciencia.

Tradicionalmente, y en especial desde que el Círculo de Viena analizara esta cuestión, la explicación y la predicción científicas se han considerado dos caras de la misma moneda: si se tiene una explicación científica genuina de un fenómeno, entonces habría sido posible predecirlo, y si puede predecirse científicamente un fenómeno, entonces es posible explicarlo. Es lo que se denomina la «tesis de la simetría». De acuerdo con ella, explicación y predicción comparten la misma estructura lógica. El mismo argumento que nos sirve para explicar el fenómeno una vez que sabemos que este se ha producido nos habría permitido predecirlo antes de que se produjera. La diferencia entre explicar y predecir es, pues, únicamente pragmática. Se reduce al momento en que se formula el argumento: si se formula antes de conocer el fenómeno, predecimos; si se formula después, explicamos.

Cabe admitir que, en ciertos fenómenos, como pueden ser los biológicos —especialmente los evolutivos— o los sociales, la complejidad de los factores que intervienen genera dificultades de tipo práctico para realizar predicciones realmente precisas y podemos tener explicaciones aceptables que no lleven a predicciones relevantes. Sin embargo, en lo que se refiere a la posibilidad inversa, es decir, a la de predecir sin tener capacidad para explicar, se estima que no se dispone de una predicción científica genuina si no se puede proporcionar con los mismos recursos teóricos una explicación de los fenómenos concernidos.

Sin embargo, a día de hoy este escenario no es tan firme como lo era hace unos años. Para empezar, la tesis de la simetría entre explicación y predicción recibió, ya desde el comienzo, críticas de entidad considerable. Como han argumentado diversos autores, la predicción científica podría basarse en un conjunto de datos sin necesidad de recurrir a ninguna ley, careciendo, por tanto, de capacidad explicativa. Tomemos el caso de los sistemas sensibles a las condiciones iniciales o, en lenguaje más popular, el de los sistemas que presentan el llamado «efecto mariposa». Se trata de sistemas caóticos cuyo comportamiento puede ser explicado científicamente mediante leyes deterministas. Sin embargo, su resultado final es altamente imprevisible en la práctica, debido a los efectos multiplicadores que experimentan las diferencias infinitesimales en las condiciones iniciales de las que se parte en cada caso concreto.

Por otro lado, hace ya tiempo que percibimos señales de que nuestra capacidad de construir modelos científicos que permitan explicar el mundo se está enfrentando con algunos límites epistémicos. Esto resulta cada vez más obvio en campos como los de la astrofísica o la biología. En astrofísica, la teoría inflacionaria del universo o la propuesta teórica de los multiversos han sido criticadas por la imposibilidad de ser sometidas a contrastación empírica, lo cual las alejaría del cumplimiento de un requisito considerado hasta ahora básico para cualquier teoría científica. En el caso de la teoría inflacionaria del universo, existen demasiados modelos que no pueden ser discriminados en función de la evidencia disponible, o como suele decirse con un tecnicismo, se trata de modelos infradeterminados por la evidencia empírica. Cierto que estos modelos conducen a predicciones distintas, pero la flexibilidad de la teoría permite que cualquier dato empírico pueda ser finalmente acomodado, impidiéndose así la falsabilidad de dicha teoría. Algo similar puede decirse de la teoría de los multiversos, al menos en algunas de sus versiones: no conduce a predicciones contrastables empíricamente y, por tanto, su carácter científico podría ser cuestionado sobre esa base. Esto mismo, por cierto, se ha sostenido con respecto a otra teoría física de gran relevancia, como es la teoría de cuerdas.

En biología, la investigación actual muestra que el funcionamiento de los mecanismos genéticos resulta extremadamente más complejo de lo que suponíamos hace unos años. La posibilidad de dominar nuestro ADN se nos escapa paulatinamente, no ya solo por las múltiples relaciones entre unos genes y otros, sino por la conciencia creciente del papel esencial que desempeña la epigenética en su expresión concreta. De ahí la dificultad de situar nuestras esperanzas en la aparición de un modelo científico capaz de proporcionarnos una explicación detallada sobre cómo funciona el genoma en toda su complejidad y, menos aún, que sea tan preciso como para confiar ciegamente en su capacidad de prognosis.

Cada vez resulta más evidente que los métodos empleados tradicionalmente por la ciencia ya no son adecuados para satisfacer plenamente las necesidades de la propia ciencia. La complejidad del mundo que se pretende modelar ha superado esas capacidades. Si durante un tiempo no hemos procedido a emplear una alternativa a su monopolio, ha sido porque no la había. Ahora, no obstante, las circunstancias están cambiando. Hace ya tiempo que conocemos algunos casos de acciones humanas exitosas basadas en metodologías que no siguen patrones científicos tradicionales. Quizás un buen ejemplo, tal como señalaba en Wired Chris Anderson, sea la secuenciación génica aleatoria (shotgun gene sequencing), usada por Craig Venter en Celera Genomics para obtener la secuencia completa del genoma humano. Esta técnica puede considerarse una pionera del cambio a gran escala representado por la aparición de unas herramientas nuevas, los algoritmos computacionales (en este caso algoritmos ensambladores) y una nueva forma de entender la función de la computación en la ciencia.

Se hace cada vez más verosímil
una situación en que la fuerza
[predictiva] de la inteligencia artificial
acabe por desplazar a la teorización científica


La aparición de los algoritmos, y especialmente de algoritmos predictivos, es el resultado del uso combinado de unas posibilidades de almacenamiento y procesamiento de datos nunca antes conocidos. Estas herramientas son capaces de desplegar una capacidad predictiva que supera ya —y en un futuro es previsible que supere aún en mayor medida— la que puede proporcionarnos cualquier modelo desarrollado siguiendo los métodos científicos tradicionales. Por citar un ejemplo que saltó a la prensa en mayo, un equipo japonés ha presentado en la revista Heart un algoritmo que predice con un 90 por ciento de aciertos la incidencia de paros cardíacos en función de ciertas condiciones meteorológicas.

La metodología científica tradicional se basa en la contrastación empírica de hipótesis y modelos teóricos acerca del comportamiento de los fenómenos; hipótesis y modelos que pueden resultar confirmados o falsados. Los algoritmos predictivos, en cambio, no siguen ese patrón. Su creación parte de la inferencia de correlaciones entre diferentes variables sobre la base de un análisis estadístico automatizado de enormes bases de datos. Los algoritmos nunca buscan causalidades, sino solo correlaciones. De ahí, por supuesto, que no expliquen, sino que solo anticipen. Pero algunos predicen con una exactitud que desafía a lo que ha podido lograr la ciencia hasta este momento.

La cuestión fundamental que plantea este escenario es que se hace cada vez más verosímil una situación en que la fuerza de la inteligencia artificial acabe por desplazar a la teorización científica en muchos campos, al menos en lo que se refiere a su función predictiva. Probablemente, el punto de inflexión se produzca el día en que tengamos que decidir qué curso de acción queremos seguir cuando ambas estrategias planteen soluciones inconciliables. Si en ese momento nos decantamos por la opción que recomienda la IA, esto es, la opción antiteórica, habremos dado un paso difícil de revertir. Porque en ese momento certificaremos nuestra preferencia por la funcionalidad y alta precisión de la predicción estadística antes que por las explicaciones aproximadamente verdaderas proporcionadas por las teorías y las hipótesis científicas.

Ese momento, de hecho, ha llegado en algunos ámbitos, en los que la posibilidad de trazar predicciones exactas y detalladas a través de diversos algoritmos ha provocado que ya no se profundice en los mecanismos o lazos causales que llevan de un fenómeno a otro, y, en consecuencia, no se nos proporciona una comprensión cabal del modo en que acontecen dichos fenómenos. Ciertamente, estas predicciones exactas pero sin capacidad explicativa pueden servir para poner a prueba y mejorar modelos explicativos, o incluso orientar en el hallazgo de otros nuevos. Sin embargo, poner todo el peso en ellas descuidando la importancia de los modelos causales implica un abandono claro de una de las dos finalidades principales de la ciencia: la de proporcionar explicaciones además de predicciones.

El que todavía no nos hayamos dado cuenta de la enorme magnitud del cambio que se avecina no le resta un ápice de importancia. En suma, parece que se abre ante nuestros ojos un futuro en que es probable que la ciencia (tal y como tradicionalmente hemos entendido este concepto) pase a ser principalmente, si no únicamente, un recurso explicativo, mientras que su antiguo rol de anticipación de escenarios futuros será desempeñado por los sistemas basados en la inteligencia artificial. Y no parece que ese futuro vaya a esperar demasiado para hacerse presente.


PARA SABER MÁS:

Explanation and prediction in evolutionary theory. Michael Scriven en Science, vol. 130, n.o 3374, págs. 477-482, agosto de 1959.

The anatomy of inquiry. Philosophical studies in the theory of science. Israel Scheffler. Knopf, 1963.

The end of theory: the data deluge makes the scientific method obsolete. Chris Anderson en Wired Magazine, junio de 2008.

To explain or to predict? Galit Shmueli en Statistical Science, vol. 25, n.o 3, págs. 289-310, agosto de 2010.

Scientific method: Defend the integrity of physics. George Ellis y Joe Silk en Nature, vol. 516, n.o 7531, págs. 321-323, diciembre de 2014.

https://www.investigacionyciencia.es/revistas/investigacion-y-ciencia/al-rescate-del-coral-837/explicar-o-predecir-20016?fbclid=IwAR2zGN3Kl5mEQK8qR0m0FF1BMTVYM6_hSbCEI5521FhtKygA1Pb0BxuEh54

 

miércoles, 1 de septiembre de 2021

El aprendizaje profundo está abordando otro misterio central de la biología: La estructura del ARN

 

Deep Learning Is Tackling Another Core Biology Mystery: RNA Structure

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El aprendizaje profundo está resolviendo los secretos más profundos de la biología a una velocidad impresionante.
Hace sólo un mes, DeepMind rompió un gran desafío de 50 años: plegado de proteína. Una semana después, produjeron una base de datos totalmente transformadora de más de 350,000 estructuras de proteínas, incluyendo más del 98 por ciento de las proteínas humanas conocidas. La estructura está en el corazón de las funciones biológicas. El vertedero de datos, listo para explotar a 130 millones de estructuras para finales de año, permite a los científicos incursionar en la anterior ′′ materia oscura "- proteínas invisibles y sin probar, del maquillaje del cuerpo humano.
El resultado final no es nada menos que revolucionario. Desde la investigación básica de la ciencia de la vida hasta el desarrollo de nuevos medicamentos para luchar contra nuestros enemigos más duros como el cáncer, el aprendizaje profundo nos dio una llave de oro para desbloquear nuevos mecanismos biológicos, ya sea naturales o sintéticos, que eran previamente inalcanzables.
Ahora, el amor de IA está listo para hacer lo mismo con el ARN.
Como el niño medio del dogma central de ′′ ADN a ARN a la proteína el ARN no recibió mucha prensa hasta su contribución a la vacuna Covid-19 Pero la molécula es un doble héroe: tanto lleva información genética, y, dependiendo de su estructura, puede catalizar funciones biológicas, regular qué genes se encienden, ajustar su sistema inmunitario, y aún más loco, potencialmente pasan ′′ recuerdos ′′ a través de generaciones generaciones ..
También es frustrantemente difícil de entender.
Similar a las proteínas, el ARN también se pliega en complicadas estructuras 3 D. La diferencia, según Drs. Rhiju Das y Ron Dror en la Universidad de Stanford, es que comparativamente sabemos poco sobre estas moléculas. Hay 30 veces más tipos de ARN que hay proteínas, pero el número de estructuras de ARN descifradas es menos de un porcentaje comparado con las proteínas.
El equipo de Stanford decidió superar esa brecha. En un documento publicado la semana pasada en Science, describieron un algoritmo de aprendizaje profundo llamado ARES (Atomic Rotacionalmente Equivalente Goleador) que resuelve eficientemente las estructuras de ARN, expulsando los anteriores intentos fuera del agua.
 
https://singularityhub.com/2021/08/31/deep-learning-is-tackling-another-core-biology-mystery-rna-structure/?fbclid=IwAR03My2pjhqBW8Lr1eZxrbozPMv8EGWL-jAdXJi4v1pg5fAyYZRleWxhbuU 

Deep learning is solving biology’s deepest secrets at breathtaking speed.

Just a month ago, DeepMind cracked a 50-year-old grand challenge: protein folding. A week later, they produced a totally transformative database of more than 350,000 protein structures, including over 98 percent of known human proteins. Structure is at the heart of biological functions. The data dump, set to explode to 130 million structures by the end of the year, allows scientists to foray into previous “dark matter”—proteins unseen and untested—of the human body’s makeup.

The end result is nothing short of revolutionary. From basic life science research to developing new medications to fight our toughest disease foes like cancer, deep learning gave us a golden key to unlock new biological mechanisms—either natural or synthetic—that were previously unattainable.

Now, the AI darling is set to do the same for RNA.

As the middle child of the “DNA to RNA to protein” central dogma, RNA didn’t get much press until its Covid-19 vaccine contribution. But the molecule is a double hero: it both carries genetic information, and—depending on its structure—can catalyze biological functions, regulate which genes are turned on, tweak your immune system, and even crazier, potentially pass down “memories” through generations.

It’s also frustratingly difficult to understand.

Similar to proteins, RNA also folds into complicated 3D structures. The difference, according to Drs. Rhiju Das and Ron Dror at Stanford University, is that we comparatively know little about these molecules. There are 30 times as many types of RNA as there are proteins, but the number of deciphered RNA structures is less than one percent compared to proteins.

The Stanford team decided to bridge that gap. In a paper published last week in Science, they described a deep learning algorithm called ARES (Atomic Rotationally Equivalent Scorer) that efficiently solves RNA structures, blasting previous attempts out of the water.

The authors “have achieved notable progress in a field that has proven recalcitrant to transformative advances,” said Dr. Kevin Weeks at the University of North Carolina, who was not involved in the study.

Even more impressive, ARES was trained on only 18 RNA structures, yet was able to extract substantial “building block” rules for RNA folding that’ll be further tested in experimental labs. ARES is also input agnostic, in that it isn’t specifically tailored to RNA.

“This approach is applicable to diverse problems in structural biology, chemistry, materials science, and beyond,” the authors said.

Meet RNA

The importance of this biomolecule for our everyday lives is probably summarized as “Covid vaccine, mic drop.”

But it’s so much more.

Like proteins, RNA is transcribed from DNA. It also has four letters, A, U, C, and G, with A grabbing U and C tethered to G. RNA is a whole family, with the most well-known type being messenger RNA, or mRNA, which carries the genetic instructions to build proteins. But there’s also transfer RNA, or tRNA—I like to think of this as a transport drone—that grabs onto amino acids and shuttles them to the protein factory, microRNA that controls gene expression, and even stranger cousins that we understand little about.

Bottom line: RNA is both a powerful target and inspiration for genetic medicine or vaccines. One way to shut off a gene without actually touching it, for example, is to kill its RNA messenger. Compared to gene therapy, targeting RNA could have fewer unintended effects, all the while keeping our genetic blueprint intact.

In my head, RNA often resembles tangled headphones. It starts as a string, but subsequently tangles into a loop-de-loop—like twisting a rubber band. That twisty structure then twists again with surrounding loops, forming a tertiary structure.

Unlike frustratingly annoying headphones, RNA twists in semi-predictable ways. It tends to settle into one of several structures. These are kind of like the shape your body contorts into during a bunch of dance moves. Tertiary RNA structures then stitch these dance moves together into a “motif.”

“Every RNA likely has a distinct structural personality,” said Weeks.

This seeming simplicity is what makes researchers tear their hair out. RNA’s building blocks are simple—just four letters. They also fold into semi-rigid structures before turning into more complicated tertiary models. Yet “despite these simplifying features, the modeling of complex RNA structures has proven to be difficult,” said Weeks.

The Prediction Conundrum

Current deep learning solutions usually start with one requirement: a ton of training examples, so that each layer of the neural network can begin to learn how to efficiently extract features—information that allows the AI to make solid predictions.

That’s a no-go for RNA. Unlike protein structures, RNA simply doesn’t have enough experimentally tried and true examples.

With ARES, the authors took an eyebrow-raising approach. The algorithm doesn’t care about RNA. It discards anything we already know about the molecule and its functions. Instead, it focused only on the arrangement of atoms.

ARES was first trained with a small set of motifs known from previous RNA structures. The team also added a large bunch of alternative examples of the same structure that were incorrect. Digesting these example, ARES slowly tweaked its neural network parameters so that the program began learning how each atom and its placement contributes to the overall molecule’s function.

Similar to a classic computer vision algorithm that gradually extracts features—from pixels to lines and shapes—ARES does the same. The layers in its neural network cover both fine and coarse scales. When challenged with a new set of RNA structures, many of which are far more complex than the training ones, ARES was able to distill patterns and novel motifs, recognizing how the letters bind.

“It learns entirely from atomic structure, using no other information…and it makes no assumptions about what structural features might be important,” the authors said. They didn’t even provide any basic information to the algorithm, such as that RNA is made up of four-letter chains.

As another benchmark, the team next challenged ARES to RNA-Puzzles. Kicked off in 2011, RNA-Puzzles is a community challenge for structural biologists to test their prediction algorithms against known experimental RNA structures. ARES blew the competition away.

The average resolution “has stayed stubbornly stuck” around 10 times less than that for a protein, said Weeks. ARES improved the accuracy by roughly 30 percent. It’s a seemingly small step, but a giant leap for one of biology’s most intractable problems.

An RNA Structural Code

Compared to protein structure prediction, RNA is far harder. And for now, ARES still can’t get to the level of accuracy needed for drug discovery efforts, or find new “hot spots” on RNA molecules that can tweak our biology.

But ARES is a powerful step forward in “piercing the fog” of RNA, one that’s “poised to transform RNA structure and function discovery,” said Weeks. One improvement to the algorithm could be to incorporate some experimental data to further model these intricate structures. What’s clear is that RNA seem to have a “structural code” that helps regulate gene circuits—something that ARES and its next generations may help parse.

Much of RNA has been the “dark matter” of biology. We know it’s there, but it’s difficult to visualize and even harder to study. ARES represents the next telescope into that fog. “As it becomes possible to measure, (deeply) learn, and predict the details of the tertiary RNA structure-ome, diverse new discoveries in biological mechanisms await,” said Weeks.

 
 
Shelly Xuelai Fan is a neuroscientist-turned-science writer. She completed her PhD in neuroscience at the University of British Columbia, where she developed novel treatments for neurodegeneration. While studying biological brains, she became fascinated with AI and all things biotech. Following graduation, she moved to UCSF to study blood-based factors that rejuvenate aged brains.