Bioinformática aplicada ©Bruno Contreras-Moreira and Heladia Salgado

• Presentación 
• Este curso es parte de la licenciatura de Ciencias Genómicas de la Universidad Nacional Autónoma de México y está pensado para alumnos y alumnas que ya tengan cierta experiencia en bioinformática.
• Introducción desde UNIX
  • Manejo avanzado de la consola UNIX/linux
    • Comandos básicos
    • Redireccionamiento de entrada y salida.
    • Comandos de procesamiento de texto y búsqueda.
    • Práctica
    • make
    • Ejercicios de evaluación
  • Manejo de clusters de cómputo
    • Ejemplo de manejo de un cluster
  • Edición avanzada con L^ATEX
• Curso Introductorio de R
  • Lo básico
    • Instalación de R:
    • Entrar y salir de R
    • Ayuda
    • Básico:
    • Calculadora
  • Objetos básicos
    • Objetos, sus modos y atributos.
    • Vectores y listas
    • Arrays:
    • Matrices.
    • List:
    • Data frame:
  • Useful Functions
  • Import and Export Data
  • Graphics
  • Programacion
    • Loops:
    • Conditions:
    • Function
  • BioConductor (en inglés)
    • Packages available in Bioconductor.
    • GENERAL TOOLS
    • Pre-processing
    • Analysis
    • Annotation
  • Database Interaction
    • Graphics and user interface
    • Graphs
    • Proteomics
    • arrayCGH
  • Ontologies
  • Examples using Microarray data
    • Example 1
    • Example 2
• Análisis de secuencias
  • Las secuencias biológicas
  • Alineamientos
  • Algoritmos de alineamiento
    • Tipos de alineamientos
    • Tipos de algoritmos
  • Alineamientos locales y BLAST
    • Cómo preparar una base de datos de secuencias para BLAST
    • Cómo hacer una búsqueda BLAST contra una base de datos de secuencias
    • Cómo interpretar los alineamientos obtenidos y sus puntuaciones
    • Ejemplo de aplicación de BLAST
  • Alineamientos globales, múltiples y CLUSTAL
    • Ejemplo de aplicación de CLUSTAL
  • Perfiles
    • Ejemplo del uso de perfiles
  • Hidden Markov Models
  • Ejercicio propuesto
  • Identificación de ortólogos e inferencia funcional
  • Búsqueda de patrones en proteínas y ácidos nucleicos
• Análisis de macromoléculas biológicas
  • Propiedades moleculares que se pueden calcular a partir de la secuencia
    • Estabilidad de un dúplex de ADN
    • Diseño de primers para PCR
    • Predicción de estructura secundaria de proteínas
    • Predicción de desorden en proteínas y DISOPRED
    • Estructura secundaria de RNA
  • A donde no llegan las secuencias
  • Comparación y alineamiento estructural de proteínas y MAMMOTH
  • Modelado de proteínas
    • Cadenas laterales y SCWRL
    • Modelado comparativo y MODELLER
    • Diseño ab initio y ROBETTA
  • Modelado de moléculas de DNA
  • Ejercicio propuesto
• Enlaces relacionados en Internet
• http://bix.ucsd.edu/bioalgorithms/
• Bibliografía
• Índice de Materias

• Índice de Materias

  alineamiento global

  Tipos de alineamientos

  alineamiento local

  Tipos de alineamientos

  alineamiento múltiple

  Tipos de alineamientos

  bl2seq

  Ejemplo de aplicación de

  e-value

  Cómo interpretar los alineamientos

  esqueleto peptídico

  Cadenas laterales y SCWRL

  estructura molde

  Modelado comparativo y MODELLER

  fold recognition

  Modelado comparativo y MODELLER

  formatdb

  Cómo preparar una base

  gap

  Alineamientos

  low complexity

  Cómo preparar una base

  MVIEW

  Cómo interpretar los alineamientos

  pairwise

  Tipos de alineamientos

  perfil

  Tipos de alineamientos

  programación dinámica

  Tipos de algoritmos

  protein backbone

  Cadenas laterales y SCWRL

  Protein Data Bank

  A donde no llegan

  PSI-BLAST

  Ejemplo del uso de

  Rasmol

  Comparación y alineamiento estructural

  rotámeros

  Cadenas laterales y SCWRL

  SEG

  Cómo preparar una base

  significado de un alineamiento

  Alineamientos

  threading

  Modelado comparativo y MODELLER

  TIGR

  Ejemplo de aplicación de

  ventajas de las secuencias

  Las secuencias biológicas

   
• Sobre este documento...
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  Copyright © 1993, 1994, 1995, 1996, Nikos Drakos, Computer Based Learning Unit, University of Leeds. 
  Copyright © 1997, 1998, 1999, Ross Moore, Mathematics Department, Macquarie University, Sydney.
  The command line arguments were: 
  latex2html bioinfo
  The translation was initiated by Bruno Contreras Moreira on 2007-05-02
   

©Bruno Contreras-Moreira and Heladia Salgado