El papel de la bioinformática en el COVID-19
Estamos en un periodo especialmente delicado y complicado por la rápida expansión que ha habido a nivel mundial del COVID-19. En un momento como éste, nos queremos preguntar ¿qué papel puede desempeñar el ámbito de la bioinformática para ayudar en la mitigación y erradicación de esta pandemia?
Proyectos europeos en el ámbito de la bioinformática
Por una parte, conocemos que está habiendo financiación a nivel europeo. A través de la Comisión Europea, se han destinado 48.5 millones de euros a 18 proyectos de investigación con parte del presupuesto de los programas para investigación en salud que se incluye en el programa Horizonte2020. Concretamente hay una parte del presupuesto destinado a investigación para casos de emergencia. Los objetivos que se plantean cubrir en estos 18 proyectos son los siguientes:
- Mejora de la epidemiología y la salud pública, incluida nuestra preparación y respuesta ante brotes.
- Pruebas de diagnóstico rápidas en el punto de atención.
- Nuevos tratamientos.
- Desarrollo de nuevas vacunas.
La bioinformática desempeña un papel importante en dos de estos objetivos. Por una parte, en el desarrollo de mejores sistemas de monitoreo para prevenir y controlar efectivamente la propagación del virus, así como contribuir a la evaluación de la dinámica social. Por otra parte, en la detección e identificación de moléculas que podrían funcionar contra el virus, utilizando técnicas avanzadas de modelado y computación.
Uno de estos proyectos es el EXSCALATE4CoV, basado en el diseño avanzado de medicamentos asistido por computadora para reducir significativamente el tiempo necesario para la creación de fármacos mediante el uso de la computación de altas prestaciones. Es en este proyecto donde encontramos el Barcelona Supercomputing Center, con el uso del superordenador MareNostrum. Éste tiene previsto ensayar millones de compuestos para probar computacionalmente su eficacia contra el coronavirus.
Otro de estos 18 proyectos es el RiPCoN, que tiene como objetivo identificar fármacos a través del estudio, a nivel computacional, de las interacciones entre el COVID-19 y las células humanas, para combatir la expansión del virus.
Proyectos de código abierto
Más allá de proyectos financiados por la Comisión Europea, también existen otros proyectos de código abierto. Uno es Nextstrain, que pretende aprovechar el potencial científico y de salud pública de los datos del genoma del patógeno. Actualmente, se tienen secuencias de muestras tomadas en 53 países en 6 continentes, que pueden ayudar a inferir características útiles del brote y rastrear su propagación en tiempo real. Esto es posible gracias al intercambio oportuno de datos por parte de científicos y médicos de todo el mundo.
Proyectos de universidades
También existen iniciativas impulsadas por universidades locales, como es el caso de la Universidade da Coruña, donde un titulado de nuestro máster ha desarrollado una web de seguimiento del coronavirus en Shiny y en R, en el marco de una iniciativa llamada «Predicción cooperativa«. Esta iniciativa tiene el objetivo de construir un meta-predictor a partir de las predicciones aportadas por los investigadores participantes. Consiste en encontrar la combinación optimizada de las predicciones de diferentes modelos y algoritmos.
Desde la UOC apostamos por seguir formando estudiantes en el ámbito de la bioinformática con el Máster Universitario en Bioinformática y Bioestadística, que ofrecemos conjuntamente con la UB. Además, contamos con un equipo docente con una amplia experiencia, con colaboradores docentes de centros que están colaborando en estos proyectos internacionales, tales como el Institut de Recerca Biomèdica (IRB) o el Barcelona Supercomputing Center (BSC).
http://informatica.blogs.uoc.edu/2020/04/14/bioinformatica-covid19/
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