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viernes, 30 de octubre de 2020

Aparición y propagación de una variante del SARS-CoV-2 en Europa en el verano de 2020-Emergence and spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020

 Es un estudio previo, si es una mutación, mas agresiva o que se expande más rapido puede ser una explicación del caso del verano en España..

Emergence and spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020

Emma B Hodcroft, Moira Zuber, Sarah Nadeau, Inaki Comas, Fernando Gonzalez Candelas, SeqCOVID-SPAIN consortium, Tanja Stadler, Richard A Neher
doi: https://doi.org/10.1101/2020.10.25.20219063
This article is a preprint and has not been certified by peer review [what does this mean?]. It reports new medical research that has yet to be evaluated and so should not be used to guide clinical practice.

Abstract

A variant of SARS-CoV-2 emerged in early summer 2020, presumably in Spain, and has since spread to multiple European countries. The variant was first observed in Spain in June and has been at frequencies above 40% since July. Outside of Spain, the frequency of this variant has increased from very low values prior to 15th July to 40-70% in Switzerland, Ireland, and the United Kingdom in September. It is also prevalent in Norway, Latvia, the Netherlands, and France. Little can be said about other European countries because few recent sequences are available. Sequences in this cluster (20A.EU1) differ from ancestral sequences at 6 or more positions, including the mutation A222V in the spike protein and A220V in the nucleoprotein. We show that this variant was exported from Spain to other European countries multiple times and that much of the diversity of this cluster in Spain is observed across Europe. It is currently unclear whether this variant is spreading because of a transmission advantage of the virus or whether high incidence in Spain followed by dissemination through tourists is sufficient to explain the rapid rise in multiple countries.

Una variante del SARS-CoV-2 surgió a principios del verano de 2020, presumiblemente en España, y desde entonces se ha extendido a múltiples países europeos. La variante fue observada por primera vez en España en junio y ha estado en frecuencias superiores al 40% desde julio. Fuera de España, la frecuencia de esta variante ha aumentado desde valores muy bajos antes del 15 de julio hasta el 40-70% en Suiza, Irlanda y el Reino Unido en septiembre. También prevalece en Noruega, Letonia, los Países Bajos y Francia. Poco se puede decir de otros países europeos porque hay pocas secuencias recientes disponibles. Las secuencias de este grupo (20A.EU1) difieren de las secuencias ancestrales en 6 o más posiciones, incluyendo la mutación A222V en la proteína punta y A220V en la nucleoproteína. Mostramos que esta variante fue exportada desde España a otros países europeos en múltiples ocasiones y que gran parte de la diversidad de este cúmulo en España se observa en toda Europa. Actualmente no está claro si esta variante se está propagando debido a una ventaja de transmisión del virus o si la alta incidencia en España seguida de la difusión a través de los turistas es suficiente para explicar el rápido aumento en múltiples países. 

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La epidemiología genómica en tiempo real nos permite rastrear la propagación de un patógeno a través de las mutaciones que acumulado en el genoma durante la replicación viral.  Ella gran mayoría de estas mutaciones son de poca funcionalidad relevancia y simplemente sirven como marcadores neutrales de que
puede utilizar para vincular variantes relacionadas.  Algunas mutaciones, como...siempre, son adaptables y aumentan su frecuencia porque los aumentar la tasa de transmisión del virus.  Tal adaptación...
se espera que después de una zoonosis cuando un patógeno es aún no está completamente adaptado a su nuevo huésped (Diehl et al., 2016;van Dorp y otros, 2020) o en patógenos endémicos que esla inmunidad preexistente de la capa, como es común por ejemplo en estacional en los virus de uenza (Rambaut y otros, 2008).

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Durante un brote dinámico, es particularmente diculto para decir sin ambigüedades si una variante particular está en......que se pliega en la frecuencia porque tiene una ventaja intrínseca...o debido a factores epidemiológicos (Grubaugh y otros, 2020).  De hecho, es una tautología que cada novela un gran cúmulo debe haber crecido recientemente y múltiples líneas de pruebas independientes se requieren en apoyo de una
un potencial de transmisión intrínsecamente elevado.
El cúmulo que describimos aquí { 20A.EU1 (S:A222V) { fue dispersado a través de Europa por los viajeros que iban y venían España y las importaciones repetidas podrían ser sucias para explicar el rápido aumento de la frecuencia y el desplazamiento de otros variantes.   En julio y agosto, España informó de la aproximación...
apenas 20 y 90 casos por cada 100.000 habitantes por semana, respectivamente.  Tomando la incidencia notificada al valor nominal y asumiendo que los turistas que regresan tienen una incidencia similar, esperamos más de 50 presentaciones en el Reino Unido en julio y más de 200 en agosto (véase el cuadro SI para el turismo resúmenes (Instituto Nacional de Estadística, 2020), para. el volumen de viaje del talón es aproximadamente 2-3 veces más alto, ver Fig. S8). Análogamente, Suiza esperaría que alrededor de 15 y 40
introducciones en julio y agosto.  Mientras que estos números son sólo estimaciones aproximadas de orden de magnitud que no cuenta para el subregistro, el establecimiento estocástico de nuevas cadenas de transmisión, y el sesgo de determinación, que indican, sin embargo, que la amplia dispersión de esta es plausible que se agrupen en toda Europa.  Si estas introducciones se produjo en las demografías que tenían más probabilidades de en-en un comportamiento arriesgado en España y seguir participando en ese comportamiento en el hogar, sólo los factores epidemiológicos podría explicar el surgimiento del 20A.EU1.
Por otro lado, observamos una consistente y rápida el crecimiento de esta variante en múltiples países y su libre... La cantidad es superior al 50% en algunas localidades.    En los países donde se ha producido más de una introducción, se aperas que se han expandido en múltiples introducciones.    Su la frecuencia en el Reino Unido ha seguido aumentando incluso...ter de viajes sin cuarentena se suspendió y la principal  El período de viaje de verano terminó.   Por lo tanto, esta variante podría transmiten más rápido que las variantes competidoras.  En particular, el caso las cifras en toda Europa comenzaron a aumentar rápidamente alrededor de la al mismo tiempo que la variante 20A.EU1 comenzó a dominar en España, Suiza y el Reino Unido (datos de secuencia limitada están disponibles para otros países y no podemos sacar conclusiones claras), véase la figura S2.   Sin embargo, esta aceleración de transmisión también coincidió con la llegada de la caída
y los factores estacionales son una alternativa

Competing Interest Statement

The authors have declared no competing interest.

Funding Statement

This work was supported by the SNF through grant numbers 31CA30_196046 (to RAN, EBH) and 31CA30_196267 and core funding by the University of Basel. SeqCOVID-SPAIN is funded by the Instituto de Salud Carlos III project COV20/00140, Spanish National Research Council and ERC StG 638553 to IC.

Author Declarations

I confirm all relevant ethical guidelines have been followed, and any necessary IRB and/or ethics committee approvals have been obtained.

Yes

The details of the IRB/oversight body that provided approval or exemption for the research described are given below:

This is an analysis of publicly available data and no IRB approval is needed.

All necessary patient/participant consent has been obtained and the appropriate institutional forms have been archived.

Yes

I understand that all clinical trials and any other prospective interventional studies must be registered with an ICMJE-approved registry, such as ClinicalTrials.gov. I confirm that any such study reported in the manuscript has been registered and the trial registration ID is provided (note: if posting a prospective study registered retrospectively, please provide a statement in the trial ID field explaining why the study was not registered in advance).

Yes

I have followed all appropriate research reporting guidelines and uploaded the relevant EQUATOR Network research reporting checklist(s) and other pertinent material as supplementary files, if applicable.

Yes

Copyright 
The copyright holder for this preprint is the author/funder, who has granted medRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made available under a CC-BY-ND 4.0 International license.
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