Coronavirus y ciencia fast food
La necesidad de atender los importantes problemas de salud surgidos tras la irrupción del virus SARS-CoV-2 ha generado una crisis sanitaria de orden internacional, en la que se están evidenciando las carencias que tienen los sistemas de salud de
la mayoría de países del primer mundo de cara a responder
eficientemente a una amenaza de esta envergadura. Ante esta situación, la sociedad demanda respuestas inmediatas y espera ansiosa que la ciencia desarrolle in extremis la deseada vacuna.
Esta urgencia puede chocar de frente con el método científico. En
España, así como en otros países, la impaciencia se ve alentada en gran
medida por los medios de comunicación y por una clase política que, tras
años contemplando impasible la creciente precarización laboral de la
comunidad científica, ahora condiciona sus decisiones a la opinión de
expertos sanitarios y promete al contribuyente el desarrollo de
tratamientos a corto plazo. Todo ello ocurre además en la era de la
sociedad hiperconectada, en la que la información (y desinformación)
fluye de forma desbocada. Una posible consecuencia es la aparición de una ciencia al estilo fast food, en cuya elaboración y consumo es más importante la premura que la evidencia. En este artículo repasamos algunos ejemplos de cómo la ciencia está contribuyendo a la difusión de fake news
relacionadas con el tratamiento y origen de COVID-19 y analizamos de
forma sistemática la reciente irrupción de estudios asociados al
coronavirus en revistas científicas.
Pre-prints como fuente de evidencia
En los últimos años, los laboratorios de ciencias de la vida están haciendo uso cada vez más de repositorios públicos de pre-prints
para dar a conocer sus avances antes de ser publicados en revistas
científicas. Tanto es así que muchas de las propias revistas aconsejan
la publicación de los trabajos que reciben en estos repositorios. Por un
lado, los pre-prints ayudan a los autores de los artículos a recibir feedback de otros expertos, y así mejorar o matizar sus estudios de forma dinámica y abierta a toda la comunidad científica. Por otro lado, a
las revistas les facilita el proceso de revisión y les permite tantear
el posible impacto que puede tener un trabajo de cara a una potencial
publicación. Pero a pesar de estos evidentes beneficios, debemos ser conscientes de que los pre-prints no han pasado el filtro de la revisión por pares que sí pasan los artículos publicados en revistas científicas. Hay que abordarlos por tanto con mucha precaución, y en ningún caso interpretar los resultados como evidencia alguna.
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Uno de los bulos sobre el SARS-CoV-2 que más se ha compartido en redes sociales es que el virus ha sido diseñado deliberadamente en un laboratorio como un híbrido entre un coronavirus pre-existente y el virus del sida. Esta interpretación, por “ikerjimenesca” que sea (permítaseme el término), tiene su origen en un pre-print publicado en el repositorio bioRxiv, la base de datos de pre-publicaciones sobre Biología de uso más extendido. En dicho estudio,
publicado el 31 de enero, los autores aseguran haber identificado
literalmente “misteriosas similitudes” entre ambos patógenos que según
ellos “es improbable que sean fortuitas”. El estudio fue retirado por
los propios autores dos días después, argumentando errores en el
análisis genómico.
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Otro ejemplo claro de la falta de cautela en la interpretación de pre-prints tiene que ver con el famoso pangolín.
Este curioso mamífero, más alejado evolutivamente del armadillo que lo
que sugiere su aspecto, saltó al estrellato mediático cuando la prensa
se hizo eco de un estudio publicado el 20 de febrero, de nuevo en bioRxiv, en el que se llevó a cabo un análisis genómico comparativo de un coronavirus aislado de pangolines malayos,
un coronavirus recientemente identificado en murciélagos y SARS-CoV-2.
En este caso, los autores sugieren que este último podría haberse
originado de la recombinación de coronavirus de pangolín y murciélago,
haciendo así el pangolín de anfitrión intermediario de SARS-CoV-2. Poco
después vio la luz un estudio más completo, publicado (ahora sí) en la revista Journal Of Medical Virology,
en el que se analizaron decenas de genomas de cepas de virus aisladas
entre finales de diciembre y principios de febrero. Los datos que arroja
esta publicación parecen descartar que SARS‐CoV‐2 provenga del
pangolín, y el mayor parecido que los autores encuentran con coronavirus
aislados de murciélagos sugiere que el posible origen del virus se
encuentra en estos últimos. Según esta interpretación,
SARS‐CoV‐2 probablemente acabó pasando de murciélagos a otro animal
antes de infectar a humanos.
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Más allá del pre-print
Por desgracia, la ciencia fast food no sólo deriva de repositorios de pre-prints. El pasado 17 de marzo, la revista International Journal of Antimicrobial Agents publicó un artículo en el que se propone la hidroxicloroquina como tratamiento contra COVID-19. La hidroxicloroquina
es un medicamento de probada eficacia contra la malaria, así como para
tratar el lupus y la artritis reumatoide. Sin entrar en el contenido del
artículo, muy criticado por la comunidad científica, lo que más llama
la atención es que entre la fecha en que fue enviado a la revista y la aceptación final pasaron escasas 24 horas.
En este caso, podría tratarse de una flagrante falta de ética
científica, ya que el editor en jefe de la revista es uno de los autores
del trabajo. El propio gobierno de España ha intentado hacerse con el
medicamento, que al parecer se está agotando en todo el mundo, con las
graves consecuencias que ello conlleva para los pacientes con lupus o
reuma, por ejemplo. Más allá de que la hidroxicloroquina acabe probando
su eficacia contra COVID-19, el plazo entre envío y aceptación hace
imposible que el estudio haya sido revisado convenientemente, y el proceso de revisión por pares es parte esencial del método científico.
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Ciencia básica y aplicada simultáneas
El ejemplo anterior es un caso paradigmático de ciencia fast food,
pero la ausencia de revisión no es la única consecuencia de la premura
de la situación actual. La inevitable prisa hace que se esté alterando
el orden lógico en el que primero se desarrolla la ciencia básica, que
describe la realidad, y luego la ciencia aplicada, que en base al
conocimiento exhaustivo de esa realidad, construye sobre ella. En
condiciones normales, hacen falta años hasta llegar al conocimiento de
los detalles moleculares de una patología para empezar con los ensayos
clínicos, que suelen llevar otros tantos años. La pandemia en la que estamos inmersos hace que ciencia básica y aplicada se lleven a cabo simultáneamente,
es decir, estamos construyendo casas sin antes asentar los cimientos.
Los gobiernos, además, están dedicando partidas importantes al estudio
de SARS-CoV-2, y las revistas científicas invitan a los investigadores a
enviar trabajos relacionados con este patógeno. Resulta lógico suponer
que el número de artículos publicados en los últimos
meses relacionados con COVID-19 ha debido crecer notablemente respecto a
años anteriores en comparación con artículos asociados a otras
patologías. Para observar esta tendencia, hemos comparado el número de
artículos disponibles en PubMed desde 1980 hasta el 31 de marzo de 2020 cuyos títulos contuvieran los términos (en inglés) cancer, alzheimer, diabetes y coronavirus.
Representando el número de artículos en el eje de ordenadas y los años
en el de abscisas, obtenemos los diagramas de barras de la Figura 1.
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Figura 1. Artículos disponibles en PubMed de 1980 a 2020 asociados a los términos cancer, alzheimer, diabetes y coronavirus.
Lo primero que puede observarse es que para los términos cancer, alzheimer y diabetes,
la tendencia es claramente ascendente, con la obvia excepción de 2020,
del que sólo han transcurrido 3 meses. Esta tendencia no es exclusiva de
estos términos, y se explica por el hecho de que, en los últimos 40
años, tanto el número de investigadores como el de revistas científicas
han aumentado de forma constante. Pese a esto, el número de artículos
asociados al término coronavirus en lo poco que llevamos de
2020 es más del doble que en todo 2019. También pueden apreciarse dos
repuntes en los últimos 20 años, correspondientes al brote de SARS-CoV de 2002-2004 y al de MERS-CoV
de Oriente Medio, identificado en 2012. Si normalizamos por días del
año contabilizados, la tendencia en 2020 se enfatiza aún más (Figura 2).
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Figura 2. Media de artículos diarios disponibles en PubMed de 1980 a 2020 asociados a los términos cancer, alzheimer, diabetes y coronavirus.
En efecto, el número de estudios sobre coronavirus en lo que llevamos
de año ha aumentado considerablemente en comparación con años
anteriores. A continuación, nos preguntamos si el contenido de los
mismos refleja también un aumento en ciencia aplicada. En este caso,
restringimos el análisis a artículos asociados al término coronavirus desde 2016 hasta ahora, y buscamos los términos que más se repiten en los abstracts.
A fin de simplificar el análisis, seleccionamos los 20 términos que más
se repiten al año, sin contabilizar preposiciones, artículos, ni
números. Para mostrar las coincidencias entre términos de los años entre
2016 y 2020, realizamos una superposición de los 5 conjuntos mediante
un diagrama de Venn
(Figura 3, centro), en el que el conjunto correspondiente a 2020 está
coloreado en rojo y los correspondientes al resto de años en distintas
gamas de azul. Puede apreciarse que los asociados a 2020 coinciden menos
con los relativos a los 4 años anteriores que estos últimos entre sí.
De hecho, 12 de los 20 términos más frecuentes en 2020 (60%) no aparecen
en ninguno de los años de 2016 a 2019. Por contra, los conjuntos
relativos a estos últimos muestran una coincidencia de entre 14 y 17
términos (del 70 al 85%) cuando se comparan dos a dos. Esto indica que
en 2020 parecen predominar términos a los que se acudía con menos
frecuencia en años anteriores, algo lógico teniendo en cuenta que
COVID-19 es una enfermedad de reciente aparición.
Figura 3. Análisis comparativo de términos más frecuentes en abstracts de artículos asociados al coronavirus entre 2016 y 2020.
A la izquierda en la Figura 3 se han representado los 20 términos más
frecuentes en 2020 usando circunferencias, de forma que el tamaño de
las mismas, así como el de los términos asociados, son proporcionales a
la frecuencia de aparición en los abstracts. Se han coloreado
en rojo los 12 términos de nueva aparición y en gris aquellos que
aparecen al menos en uno de los años de 2016 a 2019. Como es de esperar,
algunos términos de nueva aparición tienen que ver con la
particularidad de SARS-CoV-2, como china, wuhan o covid. Curiosamente, aparecen también los términos treatment y clinical,
lo que sugiere que efectivamente hay una tendencia a la ciencia
aplicada en los trabajos recientes sobre coronavirus. Esto es
especialmente llamativo si tenemos en cuenta que el patógeno se
identificó hace apenas tres meses, por lo que no sólo se ha generado una
desmesurada producción de estudios en tan poco tiempo, sino que desde
el momento de la identificación del virus parece estar llevándose a cabo
ciencia aplicada.
Por otro lado, a la derecha en la Figura 3 se han representado los
términos más comunes en los años del 2016 al 2019 que no aparecen en
2020. De nuevo se aprecian términos específicos del coronavirus con más
incidencia por entonces (MERS-CoV), como merscov, mers, middle o east. Cabe destacar que, a pesar de que MERS-CoV fue identificado en 2012, todavía no existe tratamiento alguno contra este virus, a pesar de que se está trabajando activamente en ello. Aún así, en los últimos 4 años, el único término relacionado con el desarrollo de tratamientos es la palabra vacuna (vaccine),
y es precisamente el término menos frecuente, apareciendo sólo en 2019.
Esto parece indicar una mayor propensión a la ciencia básica en los
cuatro años precedentes a 2020, lo que cuadraría más con un orden lógico
en el desarrollo de tratamientos, en el que primero se describe la
patología y a continuación empieza la fase clínica.
Los datos que aquí mostramos sugieren un cambio de tendencia a la
hora de abordar enfermedades similares, pasando a simultanear ciencia
básica y aplicada desde el mismo momento de detección del patógeno. En
cualquier caso, este análisis es sólo una aproximación superficial y en
ningún caso pretende ser concluyente. Quizá este efecto de simultaneidad
entre ambas ciencias es algo que ocurre habitualmente cuando surgen
brotes de este tipo, y pueda también observarse en los años en que
emergieron SARS-CoV y MERS-CoV.
A modo de conclusión
Es innegable que la crisis sanitaria en la que estamos inmersos
requiere medidas excepcionales y urgentes, y parece sensato que muchas
de ellas vayan encaminadas al desarrollo de tratamientos que ayuden a
combatir el virus SARS-CoV-2. Sin embargo, la emergencia de la
situación, así como la incertidumbre y los miedos que genera, están
favoreciendo la difusión de bulos de todo tipo, muchos de los cuales
tienen su origen en la propia producción científica. La sociedad debe
estar alerta y ser precavida a la hora de interpretar los resultados
publicados, así como desde la comunidad investigadora debemos extremar
la rigurosidad al llevar a cabo nuestros estudios. Sería injusto, sin
embargo, no reconocer que la emergencia, y por supuesto la tecnología
actual, han hecho posible identificar un patógeno y secuenciar su genoma
con una celeridad sin precedentes en la historia de la ciencia. También
es de agradecer que, aunque forzados por la situación, los políticos
estén dedicando considerables fondos al estudio de la enfermedad, con lo
que parecen haber entendido que la ciencia es una apuesta segura.
Esperemos que no se les olvide cuando todo vuelva a la normalidad. Yo, hasta entonces, lo pondría en cuarentena.
Referencias
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Gupta, Praveen Kumar Tripathi, Manoj Balakrishnan Menon y cols. Uncanny
similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1
gp120 and Gag. BioRxiv 2020. doi: https://doi.org/10.1101/2020.01.30.927871
Kangpeng Xiao, Junqiong Zhai, Yaoyu Feng, Niu Zhou, Xu Zhang,
Jie-Jian Zou y cols. Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like
Coronavirus from Malayan Pangolins. BioRxiv 2020. doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.17.951335
Xingguang Li, Junjie Zai, Qiang Zhao, Qing Nie, Yi Li, Brian T. Fole y
cols. Evolutionary history, potential intermediate animal host, and
cross‐species analyses of SARS‐CoV‐2. J Med Virol 2020. doi: 10.1002/jmv.25731
Philippe Gautret, Jean-Christophe Lagier, Philippe Parola, Van Thuan
Hoang, Line Meddeb, Morgane Mailhe y cols. Hydroxychloroquine and
azithromycin as a treatment of COVID-19: results of an open-label
non-randomized clinical trial. Int J Antimicrob Agents 2020. doi: 10.1016/j.ijantimicag.2020.105949
Canese K, Weis S. PubMed: The Bibliographic Database. 2002 Oct 9 [actualizado 2013]. En: The NCBI Handbook [Internet]. 2ª ed. Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US). Disponible en https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK153385/
Otros recursos
Web de bioRxiv: https://www.biorxiv.org/
Entrada en la web de la OMS sobre MERS-CoV: https://www.who.int/news-room/q-a-detail/middle-east-respiratory-syndrome-coronavirus-(mers-cov)#
Para leer más: te dejamos la entrevista con Pedro M. Martínez, profesor del Máster en Análisis Inteligente de Datos Masivos
Ingeniero informático por la Universidad de Sevilla, tengo un Máster en Bioinformática por la Universidad de Copenhague y un doctorado en Biotecnología Avanzada por la Universidad de Málaga
https://www.ui1.es/blog-ui1/entrevistamos-pedro-m-martinez-garcia-profesor-del-master-en-analisis-inteligente-de-datos
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https://www.ui1.es/blog-ui1/coronavirus-y-ciencia-fast-food?fbclid=IwAR2j4g9trGn4lRH1fR9gGDJjBfc2_cS6YmIj3fulGniRvB0BgHg1qUt1pCY
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En principio nos dicen que este tipo de virus, suele pasar de un
murciélago a otro animal y de este a un humano pero los artículos de
ciencia también deben dejarse en cuarentena, Los artículos de ciencia
deben ser contrastados por pares: Si pones en duda un articulo de
medicina o de biología, nos puede pasar lo mismo que en economia ,quien
no es economista dirá que los modelos económicos no sirven, que las
previsiones no sirven, que no es ciencia, por esto cada escuela económica
verifica las hipótesis de otra escuela, esta claro que pueden existir
estudios económicos errados como los hay en biología, o en medicina o en
física etc aceptarlo, es ser consecuente, es como aceptar que hay
economistas un 30 % que si fueron capaces de prever la crisis del
2007-2017 como ahora hay un 20 % de médicos que en febrero decían que
este virus no era como una gripe. Claro que la ciencia no es fast food,
pero todo lo que se publica de forma precipitada, sin verificar por
pares debe dejarse en cuarentena, es lo que indica P M Martínez, en
economia aun es peor hay estudios que solo se pueden validar en 1, 5 o
10 años, por no poder nunca constatar todas las interrelaciones
geoeconómicas y geopolíticas.
El economista Jesús Fernández-Villaverde:
decía en un articulo :.." Como dice Guillermo de Baskerville en El
Nombre de la Rosa, si tuviera una única respuesta a mis preguntas,
estaría enseñando teología en París y no economía en Penn." es el motivo
por el cual impulse el grupo ;Compartir artículos científicos, para que
quien entienda de cada tema nos indique si el articulo esta verificado
y/o actualizado. Cada uno debe hablar de lo que sabe y de lo que no
sabe, debe preguntar y no afirmar. Entonces volvemos al punto de
partida: es cierto el estudio de bioRxiv ? en este caso la respuesta la
tendrá un biólogo o un investigador, no un economista. Un economista
puede hablar de previsiones, de establecer escenarios, de evidencias, de
errores de gestión, de estadística aplicada, de políticas económicas
erradas, etc.
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En este caso PM Martínez dice: El estudio fue retirado por
los propios autores dos días después, argumentando errores en el
análisis genómico...Ahora toca contrastar esta opinión.....Uno de los
bulos sobre el SARS-CoV-2 que más se ha compartido en redes sociales es
que el virus ha sido diseñado deliberadamente en un laboratorio como un
híbrido entre un coronavirus pre-existente y el virus del sida.
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Esta
interpretación, tiene su origen en --un pre-print --publicado en el
repositorio bioRxiv, la base de datos de pre-publicaciones sobre
Biología de uso más extendido. En dicho estudio, publicado el 31 de
enero, los autores aseguran haber identificado literalmente “misteriosas
similitudes” entre ambos patógenos que según ellos “es improbable que
sean fortuitas”.
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Este informe retirado indicaba que han identificado 4 insertos únicos en la glicoproteína de pico de 2019-nCoV que no están presentes en ningún otro coronavirus reportado hasta la fecha.Y que los 4 insertos en el 2019-nCoV mapeados a segmentos cortos de aminoácidos en el VIH-1 gp120 y Gag entre todas las proteínas de virus anotadas en la base de datos NCBI. Esta extraña similitud de los nuevos insertos en la proteína con pico de 2019-nCoV con el VIH-1 gp120 y Gag es laque ponian en duda, sin saber las causas, o como indican ahora, retirado por posibles fallos en el estudio genómico.
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Este informe retirado indicaba que han identificado 4 insertos únicos en la glicoproteína de pico de 2019-nCoV que no están presentes en ningún otro coronavirus reportado hasta la fecha.Y que los 4 insertos en el 2019-nCoV mapeados a segmentos cortos de aminoácidos en el VIH-1 gp120 y Gag entre todas las proteínas de virus anotadas en la base de datos NCBI. Esta extraña similitud de los nuevos insertos en la proteína con pico de 2019-nCoV con el VIH-1 gp120 y Gag es laque ponian en duda, sin saber las causas, o como indican ahora, retirado por posibles fallos en el estudio genómico.
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