Phylodynamics of SARS-CoV-2 transmission in Spain
View ORCID ProfileFrancisco Díez Fuertes, María Iglesias Caballero, View ORCID ProfileSara Monzón, Pilar Jiménez, View ORCID ProfileSarai Varona, View ORCID ProfileIsabel Cuesta, View ORCID ProfileÁngel Zaballos, View ORCID ProfileMichael M. Thomson, Mercedes Jiménez, View ORCID ProfileJavier García Pérez, View ORCID ProfileFrancisco Pozo, View ORCID ProfileMayte Pérez Olmeda, View ORCID ProfileJosé Alcamí, View ORCID ProfileInmaculada Casas
doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.20.050039 This article is a preprint and has not been certified by peer review
Objetivos: El análisis del genoma completo del SARS-CoV-2 ha identificado tres grandes clados que se extienden por todo el mundo, designados G, V y S. Este estudio tiene como objetivo analizar la difusión del SARS-CoV-2 en España/Europa. Métodos: Se han realizado análisis filogenéticos y filodinámicos bayesianos de máxima probabilidad para estimar el origen temporal y geográfico más probable de los diferentes clados filogenéticos y las vías de difusión del SARS-CoV-2. Resultados: Los análisis filogenéticos de las primeras 28 secuencias del genoma completo del SARS-CoV-2 obtenidas de pacientes en España revelaron que la mayoría de ellas están distribuidas en los clados G y S (13 secuencias en cada uno) y las dos secuencias restantes se ramifican en el clado V. Once de los virus españoles del clado S y seis del clado G se agruparon en dos clusters monofiléticos diferentes (S-España y G-España, respectivamente), y el clade S-España también comprende 8 secuencias de otros 6 países de Europa y América. El antepasado común más reciente (MRCA) de la pandemia del SRAS-CoV-2 se estimó en la ciudad de Wuhan (China) alrededor del 24 de noviembre de 2019, con un intervalo de máxima densidad posterior (HPD) del 95% entre el 30 de octubre y el 17 de diciembre de 2019. El origen de las agrupaciones S-España y G-España se estimaron en España alrededor del 14 y 18 de febrero de 2020, respectivamente, con una posible ascendencia de S-España en Shangai. Conclusiones: Se han detectado múltiples introducciones de SARS-CoV-2 en España y al menos dos dieron lugar a la aparición de conglomerados transmitidos localmente, con la posterior difusión de uno de ellos a otros seis países por lo menos. Estos resultados ponen de relieve el extraordinario potencial del SARS-CoV-2 para una rápida y amplia difusión geográfica.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.20.050039v1
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.20.050039v1.full.pdf+html
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