El pangolín vuelve a convertirse el principal origen del nuevo coronavirus
Los investigadores lograron encontrar nuevos
familiares de SARS-CoV2 en pangolines javaneses traídos ilegalmente a
China. El cribado metagenómico reveló dos líneas de coronavirus
pangolínicos, que pertenecen al mismo grupo que el virus murciélago
RaTG13 y el propio SARS-CoV2 encontrados anteriormente. La porción clave
de la proteína S de una de las líneas casi coincide con la del
SARS-CoV2, los autores atribuyen esto a la evolución paralela o
recombinación.
La preimpresión apareció en Biorxiv.org el 18 de febrero, pero ahora el artículo ha sido aceptado para su publicación y está disponible en Nature.
Debido a la necesidad de un intercambio rápido de información sobre el
tema de COVID-19, este trabajo salió en un modo acelerado y puede
contener imprecisiones.
Los pangolines
Las
escamas de los pangolines, a pesar de estar en riesgo de extinción, se
usan activamente en la medicina china, y la carne de estos animales se
valora como un manjar en la cocina local. La importación ilegal de
pangolines es masiva: hace algunos meses 28 toneladas de escamas de estos animales fueron encontradas en la aduana de Singapur.
Un
estudio de los genomas del coronavirus durante la pandemia de COVID-19
sugirió que el tráfico masivo podría ser peligroso no solo para los
pangolines, sino también para los humanos. Incluso al comienzo de la
epidemia, se sabía que todos los primeros pacientes con COVID-19 estaban
asociados con el mercado de Wuhan, y según una versión, el virus se
introdujo junto con algunas especies silvestres vendidas allí, por lo
que los pangolines se encontraban entre los sospechosos.
Una investigación previa
El año pasado, incluso antes del brote, se publicó un artículo sobre los metagenomas de 11 pangolines de Java (Manis javanica),
en el Centro de Rescate de Vida Silvestre de Guangdong. Este fue uno de
los primeros estudios sobre la diversidad viral de los pangolines y,
entre otras cosas, los investigadores encontraron en ellos fragmentos de
ARN similares a la parainfluenza y los coronavirus.
Debido
a la epidemia de COVID-19, estos datos fueron recogidos y revisados, e
intentaron recolectar el borrador del genoma del coronavirus pangolín de
ellos. El 7 de febrero de 2020, apareció información en el sitio web de
la Universidad del Sur de China de que este genoma coincide con el
SARS-CoV2 en un 99%, pero más tarde, después del lanzamiento de la
preimpresión el 20 de febrero, resultó que hubo un malentendido por la
prisa: no estábamos hablando del genoma completo, sino solo del dominio
clave de la proteína S, y el genoma en su conjunto coincidió en un
90.2%.
El nuevo estudio
Ahora,
científicos de la Universidad de Hong Kong y la Universidad de Shantou
realizaron un análisis independiente de metagenomas de los pangolines
javaneses. Como muestras, utilizaron los tejidos de 18 animales
incautados de comerciantes ilegales en 2017-2018 en el sur de China en
Guangxi.
La secuenciación de ARN detectó
coronavirus en cinco de ellos (seis muestras de tejido). Con base en
datos genómicos, los autores del artículo hicieron un análogo de una
prueba de laboratorio y verificaron otros 12 pangolines: tres de ellos
también tenían coronavirus en sus tejidos pulmonares.
Además,
los autores recolectaron genoma de coronavirus de los tejidos de
pangolín, extraídos de manera similar en Guangdong en marzo de 2019, y
al mismo tiempo reconstruyeron el genoma del virus a partir de datos del
trabajo de septiembre. En total, tenían en sus manos 8 genomas de virus
completos o casi completos: seis, por el número de muestras, de Guangxi
y dos de la provincia de Guangdong.
Lam et al. / Nature 2020
Dos posibles orígenes
Los
nuevos genomas confirmaron una vez más la ubicación de los virus de
pangolín en relación con el SARS-CoV2 en el árbol filogenético: más
lejos que el virus del mapache RaTG13, pero más cerca que todo lo demás.
De manera similar, se confirmó que el sitio de unión al receptor ACE2
en los virus de pangolín es muy similar al SARS-CoV2, mientras que en
general los nuevos genomas coinciden con él en un 85.5%-92.4%.
Los
autores ofrecen dos escenarios que pueden explicar esta coincidencia.
Las proteínas ACE2 en humanos son más parecidas a las ACE2 de los
pangolines que a las de los murciélagos. Es vital que el virus se una
bien a esta proteína, por lo que las mutaciones que contribuyen a que
esto ocurra fácilmente, mientras que el resto del genoma cambia más
lentamente. Como resultado, dos virus relativamente distantes pueden
adquirir las mismas mutaciones como adaptaciones a receptores ACE2 similares.
Según
la segunda versión, uno de los representantes de la línea a la que
pertenecen los virus en cuestión y sus parientes aún desconocidos podría
haberse recombinado, en esta los dos virus intercambiaron sitios de
proteína S, que aparecen dentro del mismo huésped. Los autores no pueden
indicar con precisión la opción más probable, pero esperan que el
enigma se resuelva a medida que haya nuevos datos disponibles.
Victor Román
Esta noticia ha sido publicada originalmente en N+1, ciencia que suma.
Sobre N+1: Es la primera revista online de divulgación científica y tecnológica que permite la reproducción total o parcial de sus contenidos por medios de comunicación, bloggers e influencers, realizando la mención del texto y el enlace a la web: “Esta noticia ha sido publicada originalmente en la revista N+1, ciencia que suma: www.nmas1.org”.
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https://nmas1.org/news/2020/03/27/pangolin-coronavirus?fbclid=IwAR3S39kF4qEYKtHN_rcqXQl274SRqXqnMJ7RrJF1VAlQqPXDCHDMaaerJF0
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Coronavirus: Scientists find virus similar to Covid-19 in pangolins
Research from University of Sydney warns ‘handling these animals requires considerable caution’
https://www.independent.co.uk/news/health/coronavirus-pangolin-china-cause-study-animal-market-virus-a9428326.html?fbclid=IwAR1UzC5hCfm22-cf1sCTEJ6ptFQ2F3a0TtS1kmZLhpymeFuhhQOT5MfcdIo
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Viruses similar to the pathogen fuelling the current global pandemic have been found in trafficked pangolins, as scientists warned that the scaly mammal needs to be banned from animal markets to prevent another coronavirus outbreak in the future.
A study from the University of Sydney has shown that Sars-CoV-2, the virus that causes Covid-19,
bears genetic similarities to a different strain of coronavirus
currently infecting the Malayan pangolin population of southern China.
The research, published in the journal Nature, warns that “handling these animals requires considerable caution”.
Professor Edward Holmes, an evolutionary virologist who led the
study, said: “The role that pangolins play in the emergence of
Sars-CoV-2 is still unclear. However, it is striking that the pangolin
viruses contain some genomic regions that are very closely related to
the human virus.
“The most important of these is the receptor-binding domain that
dictates how the virus is able to attach and infect human cells.”
Since the emergence of Covid-19 in Wuhan
last year, the pangolin has been identified as a potential host for the
virus before its transmission to humans – something that Mr Holmes’s
research said was a possibility.
Bats have also been identified as a possible source of the
pathogen, having previously been responsible for the Sars outbreak that
spread across China between 2002 and 2003.
Professor Holmes added: “It is clear that wildlife contains many
coronaviruses that could potentially emerge in humans in the future. A
crucial lesson from this pandemic to help prevent the next one is that
humans must reduce their exposure to wildlife, for example by banning
‘wet markets’ and the trade in wildlife.”
As one of the most widely trafficked mammals in the world, the
pangolin is currently threatened with extinction. Its scales are used in
traditional Chinese medicine, while the animal’s meat is considered a
delicacy in parts of Asia.
Professor Holmes’s paper, which has since become the most shared
study among academics of all time, also dispels the theory that
Sars-CoV-2 was designed and manufactured in a laboratory.
“There is simply no evidence that Sars-CoV-2 – the cause of Covid-19 –
came out of a lab,” he said. “In reality, this is the sort of natural
disease emergence event that researchers in the field like myself have
been warning about for many years.”
In separate research conducted by Professor Holmes and scientists in
Shanghai, genetic links have been confirmed between samples taken from
the Wuhan wet market, the alleged origin of the global pandemic, and the
city’s earliest Covid-19 patients.
However, researchers warned that as “not all of the early
[Covid-19] cases were market associated, it is possible that the
emergence story is more complicated than first suspected”.
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