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lunes, 9 de marzo de 2020

Las mutaciones del coronavirus SARS-CoV-2

Las mutaciones del coronavirus SARS-CoV-2

Por Francisco R. Villatoro, el 7 marzo, 2020. Categoría(s): Ciencia • Medicina • Noticias • Science • Virología ✎ 5
Quizás has leído por ahí que hay dos linajes (o cepas) del coronavirus SARS-CoV-2, llamadas L y S, que solo se diferencian en un único aminoácido mutado; S sería ancestro de L y ésta se transmitiría más fácilmente (sería prevalente en el ~70% de los casos). En realidad, lo único que hacen los virus de ARN es replicarse y mutar; por ello toda persona infectada con el coronavirus SARS-CoV-2 tendrá en su interior genomas víricos con diferentes mutaciones. Entre el 29 de noviembre de 2019 y el 7 de marzo de 2020 se han secuenciado 209 genomas completos de SARS-CoV-2, en los que se han observado 111 mutaciones de aminoácidos no sinónimas (recuerda que el código genético es redundante y las mutaciones ocurren en los nucleótidos, luego hay muchas más mutaciones de nucleótidos). Ninguna de estas mutaciones de aminoácidos tiene relevancia clínica demostrada en la infección por COVID-19; luego no se puede afirmar que haya dos cepas (o más) bien separadas. Así que no te dejes engañar, por ahora solo existe una cuasiespecie de coronavirus SARS-CoV-2 entre la población humana.
En esta figura te muestro el árbol filogenético (a fecha de 7 de marzo de 2020) con los 209 genomas secuenciados (la última versión actualizada la tienes en la web de NextStrain.Org, a partir de todos los genomas completos disponibles en la web de GISAID). En la parte inferior tienes todas las mutaciones de aminoácidos (AA mutations) y de nucleótidos (NT mutations) que se han encontrado, justo encima de los genes del coronavirus donde se han encontrado (puedes leer una explicación del genoma del SARS-CoV-2 en este blog en LCMF, 25 ene 2020). En el eje vertical tienes la diversidad de nucleótidos (Diversity) que mide el número promedio de diferencias entre nucleótidos en un sitio determinado entre dos secuencias ADN para todos los pares posibles en la población (más detalles y la fórmula que la calcula en la wikipedia). El listado de todas las mutaciones no sinónimas (de aminoácidos) lo tienes aquí, junto con el número de secuencias que la presentan.
Más información en Oscar A. MacLean, Richard Orton, …, David L. Robertson, “Response to “On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2”,” Virological.Org, 5 Mar 2020, quienes critican el artículo con la propuesta de las dos cepas de Xiaolu Tang, …, Jie Cui, Jian Lu, “On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2,” National Science Review, nwaa036 (03 Mar 2020), doi: https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa036.
La crítica aún no publicada de MacLean et al. a la propuesta del artículo publicado por Tang et al. parece obvia para quien es consciente de que los coronavirus, como todos los virus de ARN, mutan mucho. Máxime cuando la propuesta es que la cepa S sea ancestro de la cepa L y que esta última se transmite más fácilmente (por ello, el ~70% de los infectados la tendría). Sin embargo, ambas cepas solo se diferenciarían en dos SNPs (se pronuncia esnips), polimorfismos de un solo nucleótido. En concreto, un SNP sinónimo en la posición 8782 del ARN, en el gen orf1ab, el cambio de una timina por una citosina en la posición 8517 de dicho gen (T8517C), que cambia el codón AGT de una serina por AGC también de una serina; y otro SNP no sinónimo en la posición 28144 del ARN, en el gen ORF8, el cambio de una citosina por una timina en la posición 251 de dicho gen (C251T), que cambia el codón de una serina por el de una leucina en la posición 84 (S84L). Esta figura muestra las 111 mutaciones no sinónimas en rojo y las restantes mutaciones sinónimas en amarillo; he aclarado dónde se encuentran las mutaciones 8782 (orf1ab: T8517C) y 28144 (ORF8: C251T, S84L).
La teoría evolutiva predice que el coronavirus SARS-CoV-2 está sometido a mutaciones continuas que producen una deriva genética que acabará conduciendo a su separación en diferentes cepas en el futuro. Lo habitual es que las cepas que mejor se adapten al ser humano (es decir, las que tengan una letalidad reducida y produzcan síntomas más leves) sean las que se acaben propagando con mayor facilidad. Pues al coronavirus le «interesa» sobrevivir el máximo tiempo posible entre los humanos y que no le pase lo que pasó con el SARS-CoV (cuya epidemia fue contenido y desapareció de la circulación entre los humanos).
Y, por cierto, seguro que en Twitter y en medios sensacionalistas has oído que el coronavirus SARS-CoV-2 podría haber escapado del laboratorio BSL-4 de Wuhan. Nada más lejos de la realidad. Se han publicado varios artículos que desmontan esta conspiración y demuestran que la variación genética natural de los betacoronavirus es suficiente para explicar la aparición de nuevos virus que puedan infectar a humanos (como ocurrió con SARS y MERS, y ahora con COVID-19). Lo que pasa es que las noticias virales como las del coronavirus acaban generando de manera espontánea gran número de conspiraciones, porque todos tenemos un poco de conspiranoicos aunque nos pese. Te recomiendo leer a Daniel Jolley, Pia Lamberty, El coronavirus es un campo abonado para los ‘conspiranoicos’,” The Conversation, 05 mar 2020.
Me permito aportar mi granito de arena con esta figura que te muestra el arból filogenético de los betacoronavirus similares a SARS, entre ellos SARS-CoV-2, así como las mutaciones que se han observado en sus ARN. Prácticamente todos los nucleótidos (NT) han mutado alguna vez; y casi todos los aminoácidos (AA) también. Como se dispone de más genomas de los que infectan a humanos (SARS-CoV en amarillo y SARS-CoV-2 en rojo) que de los demás, se observa que la diversidad genética es mucho mayor en la glicoproteína S, responsable de la infección a humanos; pero su razón de ser es un simple sesgo estadístico. Como nos recuerda Ignacio López-Goñi en Twitter: “No, no se ha escapado de un laboratorio, ni es un arma biológica, la naturaleza se basta y se sobra para generar nuevos virus”.
En resumen, el coronavirus SARS-CoV-2 está mutando de forma continua como cuasiespecie que es, pero todavía no hay datos suficientes para afirmar que haya más de una cepa. Que no te engañen ni te asusten con supuestas mutaciones que incrementan su letalidad; lo más habitual es que las mutaciones más letales, si algún día llegan a aparecer, no se propaguen entre la población. Lo peor que nos puede pasar es que el virus se acomode a los humanos y se haga estacional como el virus de la gripe; en dicho caso tendremos epidemias de COVID-19 todos los años. Por fortuna, habrá vacunas y en poco tiempo todo el mundo se olvidará de su existencia (como han hecho con el virus de la gripe A). Eso sí, mucha gente en grupos de riesgo no se vacunará (como no se vacunan de la gripe) y fallecerá (como fallecen por la gripe), pero sus decesos ya no serán noticia en los medios.
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https://francis.naukas.com/2020/03/07/las-mutaciones-del-coronavirus-sars-cov-2/?fbclid=IwAR3s8JogiYdsoQOxKmiD5zFhaNpzltGvB0Qhp6VwDNg_ovQwPw3TnT_iKAk
La teoría evolutiva predice que el coronavirus SARS-CoV-2 está sometido a mutaciones continuas que producen una deriva genética que acabará conduciendo a su separación en diferentes cepas en el futuro. Lo habitual es que las cepas que mejor se adapten al ser humano (es decir, las que tengan una letalidad reducida y produzcan síntomas más leves) sean las que se acaben propagando con mayor facilidad. Pues al coronavirus le «interesa» sobrevivir el máximo tiempo posible entre los humanos y que no le pase lo que pasó con el SARS-CoV (cuya epidemia fue contenido y desapareció de la circulación entre los humanos).
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https://cmmid.github.io/topics/covid19/severity/diamond_cruise_cfr_estimates.html?fbclid=IwAR0sddz4uhx6YHhc_vjr_WtiCJuS2bWXzlWq2M42MNShGun5KS41p-QE-os

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