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martes, 28 de febrero de 2023

Doce bacterias de todo el mundo, reunidas para extraer tierras raras de las cloacas industriales

 

Doce bacterias de todo el mundo, reunidas para extraer tierras raras de las cloacas industriales

Un grupo de científicos investiga microorganismos fotosintéticos que absorben los metales de los que depende la tecnología más avanzada

Los experimentos se realizaron en uno de los mayores tanques dedicados a la biorreacción, con aguas procedentes de una mina.
Los experimentos se realizaron en uno de los mayores tanques dedicados a la biorreacción, con aguas procedentes de una mina.Thomas Brück y Andreas Heddergott, Universidad Técnica de Múnich

Doce bacterias recogidas de distintas partes del planeta están siendo investigadas por tener una capacidad que a los humanos les cuesta mucha ciencia y mucho trabajo: recuperar tierras raras. Estos minerales son raros por sus especiales propiedades, que los hacen esenciales para un amplio abanico de tecnologías avanzadas. También son muy relevantes en la geopolítica actual, ya que China y en menor medida Estados Unidos forman casi el duopolio de su extracción. Así que en Europa urge recuperarlos de los productos y de los procesos en los que intervienen. Y, para ello, científicos alemanes han identificado esta docena de microorganismos, algunos de ellos extremófilos, que tienen la rara habilidad de sentirse atraídos por las tierras raras uniéndose a ellas.

Ignoradas durante casi dos siglos, las tierras raras son un grupo de elementos arrinconados en la tabla periódica. Son metales, pero raros. Además del escandio y el itrio, están los 15 integrantes del grupo de los lantánidos (como el lantano, el cerio o el neodimio). Aunque no abundan en la naturaleza (su concentración en la corteza terrestre es baja, yendo desde las 0,5 hasta las 67 partes por millón), su apellido de raras procede realmente de contar con una estructura química especial y muy similar entre ellos. Además, solo aparecen en forma de óxidos. Una serie de propiedades, como su elevada capacidad como conductor y su magnetismo, han hecho que en las últimas tres décadas se hayan vuelto indispensables. Sin ellos, no habría sido posible la miniaturización de infinidad de aparatos- Tampoco las baterías de móviles o vehículos eléctricos o los sistemas de los aerogeneradores serían como son.

Hacen falta algunos datos más para entender el interés que despiertan las tierras raras entre los científicos, pero aún más entre los responsables de las grandes empresas de tecnología y los políticos. El hierro fue la base de la Revolución Industrial, pero es como el agua, tan vital como barato: un kilogramo apenas cuesta 20 céntimos. Sin embargo, un kilo de óxido de neodimio ronda los 200 euros y la misma cantidad de óxido de terbio puede superar los 3.800 euros. Además de caras, las tierras raras aparecen concentradas en una serie de países. Según datos del Servicio Geológico de Estados Unidos, más de la mitad de las 280.000 toneladas que se le arrancaron a la Tierra en 2021 las obtuvo China. Un vistazo a las reservas muestra un futuro geopolítico aún más preocupante: de los 120 millones de toneladas que se estiman que hay, casi el 40% están en territorio chino y el 60% se las reparten Rusia, Vietnam y Brasil. En suelo europeo, aunque el químico sueco Carl Gustaf Mosander fuera el que descubrió los tres primeros elementos (lantano, erbio y terbio) y haya un lantánido que lleve el nombre de Europa, el europio, apenas hay tierras raras.

La escasez de producción propia, que contrasta con el uso intensivo de estos elementos por los europeos, obliga a su reciclaje, a recuperarlos de donde están para devolverlos al circuito. Pero, para complicar las cosas, la recuperación de metales se hacía tradicionalmente por medio de procesos químicos intensivos en energía y altamente contaminantes, como el uso de ácidos. De ahí el interés en proyectos como el liderado por un grupo de científicos de la Universidad Técnica de Múnich (Alemania), que han vuelto la mirada hacia las cianobacterias, un filo de bacterias que realizan la fotosíntesis.

“Las cianobacterias no se alimentan de metales. Lo que se produce es una la unión de estos a la superficie celular de aquellas”
Thomas Brück, responsable del Centro Algaetec de la Universidad Técnica de Múnich

Ya se usan bacterias para tratar las aguas residuales e incluso los vertidos de petróleo, pero mientras estas se nutren u obtienen energía del material presente en el líquido, en el caso de las cianobacterias y las tierras raras se produce una atracción inevitable. Lo explica Thomas Brück, responsable del Centro Algaetec de la universidad alemana y autor sénior de los experimentos. “Las cianobacterias no se alimentan de metales. Lo que se produce es una la unión de estos a la superficie celular de aquellas”. No es que digieran el metal, es que iones (átomos con carga negativa o positiva de un elemento) se unen a los azúcares presentes en la pared celular de la bacteria. En este sentido, es una atracción química, pasiva y casi autómata. “Si aplicamos las condiciones de reacción adecuadas, la unión se puede revertir. Por lo tanto, se pueden separar de la biomasa y, al cambiar las condiciones de reacción (es decir, el pH), se podría reutilizar la biomasa para atraer más metal presente en la solución”, añade.

Esa era la teoría que querían comprobar. Aunque se habían realizado algunos experimentos previos, ellos seleccionaron una docena de cianobacterias, la mayoría extremófilas, para comprobar cuánta tierra rara atraían. La mayoría de estos microorganismos eran desconocidos para la ciencia hasta hace unos años y algunos ni están clasificados aún completamente. Algunas bacterias proceden del desierto de Namibia, uno de los más áridos del mundo. Otras hay que buscarlas en lagos salados ricos en natrón, como el lago Chad, también en África, torrentes contaminados de Estados Unidos o muestras procedentes del agua usada en la explotación de una mina suiza.

Una de las particularidades de las cianobacterias es que son un filo bacteriano caracterizado por tener clorofila y realizar la fotosíntesis.
Una de las particularidades de las cianobacterias es que son un filo bacteriano caracterizado por tener clorofila y realizar la fotosíntesis.Thomas Brück y Andreas Heddergott, Universidad Técnica de Múnich

Según los resultados de sus experimentos, publicados en la revista especializada Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, todas las cianobacterias mostraron menor o mayor capacidad de unirse a los metales. Pero se quedaron con las cinco mejores para realizar nuevas pruebas con cuatro de las tierras raras (el lantano, el cerio, el neodimio y el terbio) en un enorme tanque lleno de aguas procedentes de aquella explotación minera. Lograron unos niveles de eficiencia que no esperaban: por ejemplo, los cultivos de Calothrix brevissima, recuperada de un lago japonés hace 50 años, secuestraba entre 44,7 y 70,6 miligramos de tierras raras por gramo de biomasa. Otra, encontrada en el desierto de Namibia y que aún no tiene nombre definitivo, la Komarekiella sp. 89.12 logró una relación de hasta 67 miligramos por gramo. La más eficiente, con ratios de absorción de hasta 91,5 mg por gramo, es la aún por clasificar Nostoc. sp., descubierta en líquenes de un humedal alemán ya en este siglo.

El primer autor de los ensayos, Michael Paper, también de la Universidad Técnica de Múnich, considera que son valores muy altos. La clave, según explica, estaría en que la carga negativa de los azúcares presentes en el exterior de las bacterias atrae a las partículas metálicas, cargadas positivamente. En un correo, Paper dice que una vez unidas bacterias y metales podrían ser separados alterando las condiciones en las que se produjo la reacción química, cambiando el pH del líquido, por ejemplo. “Después de un proceso de regeneración, la biomasa teóricamente se podría reutilizar. Ahora mismo, estamos probando su estabilidad a largo plazo para determinar cuántos ciclos de absorción-regeneración son posibles sin un deterioro significativo de las propiedades de absorción del metal”, detalla.

Aunque las cianobacterias podrían usarse en las aguas residuales convencionales, no parece probable que el promecio, el lutecio o el gadolinio viajen por las cañerías y cloacas en cantidades apreciables. Paper cree que la aplicación a escala industrial sería allí donde se procesan o acaban las tierras raras: “Se pueden encontrar en las aguas residuales provenientes de la minería, el procesamiento de los minerales, el reciclaje de desechos electrónicos o la metalurgia. La medicina y la agricultura también contribuyen a la liberación de tierras raras”.

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Sobre la firma

Miguel Ángel Criado
Miguel Ángel CriadoEs cofundador de Materia y escribe de tecnología, inteligencia artificial, cambio climático, antropología… desde 2014. Antes pasó por Público, Cuarto Poder y El Mundo. Es licenciado en CC. Políticas y Sociología.

martes, 21 de febrero de 2023

“Hemos creado una tecnología que nos lleva más allá de las posibilidades de la biología”David Baker

 David Baker, "el investigador es uno de los padres de los sistemas de inteligencia artificial que permiten diseñar máquinas moleculares desde cero para crear nuevos fármacos, combustibles o materiales inimaginables" 

David Baker, bioquímico: “Hemos creado una tecnología que nos lleva más allá de las posibilidades de la biología”

El investigador es uno de los padres de los sistemas de inteligencia artificial que permiten diseñar máquinas moleculares desde cero para crear nuevos fármacos, combustibles o materiales inimaginables

El bioquímico David Baker (Seattle, Estados Unidos, 61 años) lidera una revolución tecnológica que puede cambiar para siempre la ciencia y la medicina. Para entender todo su potencial hay que viajar a lo más hondo de un ser vivo: su ADN. Esta molécula almacena todas las instrucciones necesarias para fabricar proteínas usando combinaciones de cuatro letras: ACGT. Las proteínas son las responsables de casi cualquier proceso biológico que pueda imaginarse, desde que un árbol crezca a que una luciérnaga brille en la oscuridad o que una persona piense, respire, digiera su comida y todo lo demás, gracias a al menos 20.000 proteínas diferentes.

Entender cómo toman su forma las proteínas ha sido uno de los problemas más endiablados de la biología durante más de medio siglo. La transcripción y traducción del ADN dentro de las células produce una secuencia lineal de aminoácidos ordenados en fila india. Pero en fracciones de segundo esa hilera se retuerce sobre sí misma para formar estructuras tridimensionales perfectas capaces de abrazar, cortar, pegar, absorber, transmitir, producir. Nada en las secuencias bidimensionales de ADN ni de aminoácidos resultantes permite predecir qué forma tendrá la molécula final; y es su forma lo que determina su función. Calcular todas las formas posibles de una sola proteína con métodos convencionales podría llevar más de 13.700 millones de años, la edad del universo. Y en la naturaleza existen cientos de millones de proteínas distintas.

El verano pasado, AlphaFold, un sistema de inteligencia artificial desarrollado por Deepmind, una empresa propiedad de Google, resolvió la forma de casi todas las proteínas conocidas: más de 200 millones. El logro histórico fue posible gracias a sistemas de aprendizaje profundo. Estos conjuntos de algoritmos imitan el funcionamiento de las neuronas del cerebro humano. Aunque aún están lejos de igualar la capacidad de nuestro encéfalo, son muy eficientes buscando patrones en enormes bases de datos. Gracias a estos sistemas, resolver la forma de una proteína se hace ahora en minutos, en lugar de años.

El laboratorio de David Baker en la Universidad de Washington (Estados Unidos) va un paso más allá. Ha desarrollado varios sistemas de inteligencia artificial abiertos que crean proteínas que nunca han existido en la naturaleza. El sistema RoseTTAFold y sus sucesores permiten diseñar con una facilidad sin precedentes nuevas proteínas con funciones asombrosas, como bloquear todas las variantes de la covid o combatir enfermedades sin causa conocida, como la de Crohn o la fibrosis pulmonar idiopática. Su equipo está perfeccionando un sistema de herramientas para “hablar una proteína”, es decir, describir su función con la voz y que el ordenador aporte su secuencia completa. También persigue aportar solo parte de una proteína y que el sistema la autocomplete, como si fuera una búsqueda por Google.

Baker acaba de ganar el premio Fronteras Fundación BBVA de Biomedicina junto a sus colegas de Deepmind Demis Hassabis y John Jumper. En esta entrevista, realizada por videoconferencia, habla sobre el enorme potencial de esta tecnología. Uno de sus objetivos más alcanzables es crear un espray nasal que bloquee la entrada de la gripe, el virus sincitial, el coronavirus y otros patógenos respiratorios invernales gracias a proteínas diseñadas con inteligencia artificial.

Pregunta. Usted dice que esta tecnología cambiará más el mundo que la Edad de Piedra o la Revolución Industrial. ¿Por qué?

Respuesta. Hasta hace poco, todas las proteínas que conocíamos eran las que la naturaleza ha creado durante miles de años de evolución. Eran como un lenguaje élfico que nos venía dado. Hasta ahora, lo que hacíamos era tomar esas proteínas antiguas y hacerles pequeñas modificaciones para obtener nuevas funciones. Del mismo modo, los humanos cogían piedras y las afilaban a golpes; así se fabricaron las primeras herramientas de la Edad de Piedra. Ahora, por primera vez, podemos crear nuevas proteínas desde cero para que hagan exactamente lo que nosotros deseamos. Es una tecnología humana que nos lleva más allá de las posibilidades de la biología.

P. ¿Qué aplicaciones va a tener?

R. Lo primero que vamos a ver es un impacto en la medicina, con medicamentos mejores y más baratos. Hace unos siete años comenzamos a desarrollar una proteína con forma de icosaedro [un poliedro de 20 caras]. Su aspecto era muy parecido a la envoltura de muchos virus, pero era totalmente artificial. Mi colega Neil King le añadió el dominio de unión al receptor del coronavirus y resultó que la molécula causaba una potente inmunidad contra el virus real. Unos pocos años después, una de nuestras primeras proteínas ya se ha aprobado como vacuna de la covid y se usa en humanos en Corea, por ejemplo. También buscamos proteínas que mejoren los tratamientos contra el cáncer y otras que sean capaces de generar energía solar o servir de nuevos materiales. Las posibilidades son casi infinitas.

Por primera vez, podemos crear nuevas proteínas desde cero para que hagan exactamente lo que nosotros deseamos

P. ¿Cuál es el límite de esta tecnología?

R. Una forma de conocer el límite es tener en cuenta la evolución. Todo de lo que son capaces los seres vivos de este planeta se debe a las proteínas. Y todas esas proteínas fueron creadas por puro azar en un proceso aleatorio de mutación y selección. Sin plan establecido. Ahora pensemos en que por primera vez las personas podemos diseñar nuevas proteínas para resolver problemas a nuestro antojo. Las posibilidades van mucho más allá de lo que podamos imaginar.

P. Su nuevo sistema puede diseñar proteínas a la carta hablando con el ordenador. ¿Se puede, por ejemplo, pedir una proteína que cure el alzhéimer?

R. Podemos dar una descripción sencilla de un problema y los sistemas de aprendizaje profundo aportarán la secuencia de proteínas con esas propiedades. Pero el sistema aún no es perfecto. Una vez diseñada una nueva molécula por ordenador, hay que crearla con métodos convencionales en el laboratorio y comprobar que tiene las propiedades deseadas. Lo novedoso es que ahora podemos servirnos de la naturaleza para agilizar este paso. Una vez que tenemos la secuencia de aminoácidos de nuestra proteína, la codificamos en una secuencia de ADN, un gen sintético, que después introducimos en una bacteria. Y esta bacteria se transforma básicamente en nuestra fábrica de proteína. ¿Podemos diseñar una proteína que cure el alzhéimer? El problema es que no entendemos bien la causa de esta enfermedad. Sí que hemos creado moléculas que se unen a las fibrillas de proteínas patológicas que la caracterizan, pero no sabemos si son su causa. Así que aún queda un largo trabajo de prueba y error y esa es la parte complicada. El problema de diseñar proteínas está resuelto. El reto es saber formular el problema que queremos resolver. Necesitamos una hipótesis molecular. Y para eso hay que comprender el origen de la enfermedad.

P. ¿Cuánta fiabilidad tiene esta técnica?

R. Depende del problema. Para una cuestión sencilla, la tasa de éxito es de un 75%. Es tan nueva que aún estamos aprendiendo. En el caso de la gripe, hemos podido diseñar proteínas y probarlas en cuestión de semanas, por ejemplo. Esto puede ser muy útil en caso de que haya que reaccionar a una nueva pandemia. Pero con problemas más complejos es aún muy difícil. Por ejemplo: degradar el plástico. Es una cuestión tan amplia que aún no sabemos abordarla bien.

P. Uno de sus objetivos es desarrollar un espray nasal que pudiéramos usar para protegernos de muchos virus respiratorios a la vez. ¿Cuándo cree que sería posible tenerlo?

R. Depende, porque entran en juego factores económicos. Este tipo de fármaco no sería tan rentable para las farmacéuticas, así que habría que ver si alguna empresa, algún Gobierno o alguna organización sin ánimo de lucro querría desarrollarlo. Es un problema muy frecuente en el campo de las enfermedades infecciosas. Pero, desde el punto de vista tecnológico, creo que este mismo año sabremos si estos espráis funcionan contra la covid. Y, si funcionan, es razonable que también lo hagan contra otros virus respiratorios.

Si eres un malhechor, no necesitas diseñar proteínas por inteligencia artificial, ya tienes disponibles las secuencias genéticas del virus de la gripe de 1918

P. ¿Ve algún peligro en esta tecnología?

R. La naturaleza ya ha perfeccionado sistemas para causar muerte y destrucción en una escala muy superior a la humana. Pensemos en la gripe de 1918, que era tremendamente letal y se transmitía con rapidez. Si eres un malhechor, realmente no necesitas diseñar proteínas por inteligencia artificial porque ya tienes disponibles las secuencias genéticas del virus mencionado, o del ébola, por ejemplo. Como con cualquier otra tecnología tan poderosa, tendremos que asegurarnos de que no se usa para mal, pero creo que el riesgo es reducido.

P. ¿Ve algún motivo de preocupación en que Deepmind sea propiedad de Google y que sean tan herméticos sobre el trabajo que realizan?

R. Hay una gran diferencia entre mi laboratorio, que es totalmente abierto, recibimos visitantes de todo el mundo y compartimos la información, y una empresa como Deepmind, que es totalmente cerrada. Cuando Deepmind publicitó uno de sus grandes avances en este campo hace dos años hubo muchos comentarios apocalípticos de la comunidad científica, alertando de que a este paso las grandes compañías tecnológicas serían las únicas que dominasen esta tecnología. Creo que el hecho de que nosotros creásemos RoseTTAFold, un sistema abierto a todo el mundo, contribuyó a que Deepmind finalmente abriese también sus sistemas al público porque estoy seguro de que había gente dentro de la empresa que prefería mantenerlos en secreto y sacar dinero con ellos. Deepmind sigue siendo muy hermética y creo que esa asimetría entre ellos y nosotros tendrá un coste. Solo en los últimos días aquí hemos tenido visitas de investigadores muy potentes en alzhéimer, en sistemas de energía solar y de desarrollo de nuevos fármacos contra el cáncer. Ser un sistema abierto te aporta muchas más ideas. El libre intercambio de información beneficia el avance de la ciencia.

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Sobre la firma

Nuño Domínguez
Nuño Domínguez es cofundador de Materia, la sección de Ciencia de EL PAÍS. Es licenciado en Periodismo por la Universidad Complutense de Madrid y Máster en Periodismo Científico por la Universidad de Boston (EE UU). Antes de EL PAÍS trabajó en medios como Público, El Mundo, La Voz de Galicia o la Agencia Efe.
https://elpais.com/ciencia/2023-02-19/david-baker-bioquimico-hemos-creado-una-tecnologia-que-nos-lleva-mas-alla-de-las-posibilidades-de-la-biologia.html?ssm=TW_CC 

“Hemos logrado crear proteínas: es una revolución biomédica”

Tengo 60 años ya, pero no paro, perdone ahora, de moverme: moverse es vida. Nací en Seattle, donde hemos sido los primeros en crear proteínas con sistemas de inteligencia artificial y fundamos empresas para diseñar medicamentos con ellas. Soy premio Fronteras del Conocimiento BBVA de Medicina 2023

David Baker,ha creado proteínas, núcleo de la vida, y revelado la estructura de las existentes
“Hemos logrado crear proteínas: es una revolución biomédica”

Lluís Amiguet

Investigar y... sí, ganar dinero

Por qué es usted candidato al Nobel de Medicina?

Lo que podemos anunciar es que hemos logrado diseñar proteínas y van a revolucionar la medicina, pero no sólo: también la biología.

¿Cómo?

Hemos desarrollado herramientas para conocer con precisión sin precedentes la estructura tridimensional de las proteínas de animales, plantas y bacterias; y en solo unos días, cuando antes se requerían años para tan solo aproximarse a ese conocimiento.

Las proteínas son las partículas de la vida: ¿poder crearlas es crear vida?

Es una buena analogía, porque las proteínas están implicadas en todo: de capturar la energía del sol a la neurodegeneración causada por el alzheimer o en el diseño de vacunas y las estructuras de los virus. Las proteínas lo hacen todo y poder crearlas es clave.

¿Y conocer su estructura e incluso diseñarlas nuevo ya tiene aplicaciones médicas?

Ya se está inyectando una vacuna coreana contra la covid, diseñada con nuestra nueva herramienta de inteligencia artificial, el
RoseTTAFold, y un spray nasal que también vacuna contra otros virus respiratorios, como la gripe y otras terapias para las células cancerígenas o el parásito de la malaria; pero son incluso más importantes las puertas que abre ese nuevo conocimiento...

¿Cuál es la más relevante?

La mayoría de los medicamentos actuales se fabrican introduciendo modificaciones en las proteínas que ya existen.

¿Ahora diseñarán proteínas para curar?

Ahora diseñaremos proteínas nuevas para medicamentos sofisticados y mejorados, más precisos y robustos que traten el cáncer sin efectos secundarios o para fabricar vacunas rápidas contra nuevas pandemias.

¿En qué trabajan exactamente ahora?

Me fascina la posibilidad de diseñar proteínas que bloquearan la acumulación de amiloides que causan el alzheimer. Y más allá de la biomedicina: ¿por qué no crear proteínas que rompan los plásticos en el océano?

¿Por qué hemos tardado tanto en poder fabricar proteínas?

Había dos problemas difíciles de resolver: las proteínas son responsables de múltiples funciones en nuestros organismos y en todos los vivientes –y hay billones en la naturaleza– y lo que hacen depende de sus secuencias de aminoácidos...

Que también forman nuestro ADN.

Los genes que forman nuestro ADN están compuestos de proteínas en secuencias de A (adenina), T (timina), G (guanina) y C (cytosina) y ese era el primer problema: averiguar su estructura en cada gen; el segundo era diseñarlas. Y hemos resuelto los dos.

Además ha fundado variasstartup s biomédicas para fabricar medicamentos.

Y hemos logrado llegar hasta los ensayos clínicos en humanos contra las enfermedades inflamatorias, como las intolerancias celíacas; pero, sobre todo, me interesan las relacionadas con las enfermedades del envejecimiento, que cada día son más y más extendidas. Y crear proteínas cambia el juego.

¿Por qué le interesan las degenerativas?

Porque los medicamentos que estamos diseñando a partir de las proteínas que creamos son más eficientes y baratos que los de anticuerpos, que son los más usados hoy. Y además, podemos diseñar nuevas proteínas ad hoc para otros usos revolucionarios.

¿En energía?

Planeamos nuevos sistemas de sintetizar la energía solar creando proteínas al efecto; y hay otros materiales biológicos muy interesantes con los que podríamos trabajar ahora, como el hueso, las conchas de moluscos o los dientes, que interactúan en la naturaleza con químicas inorgánicas como el calcio y los carbonatos. Abren campos fascinantes.

¿Y el envejecimiento no es una cuestión también de proteínas e inflamación?

Lo que hacemos ahora en el laboratorio es diseñar genes sintéticos con las proteínas que hemos creado y luego comprobamos si actúan como habíamos previsto al diseñarlas para frenar un proceso degenerativo.

¿Y funciona?

Lo que ya es seguro es que ese proceso se ha acortado sustancialmente y eso nos da una enorme ventaja para el diseño de vacunas contra nuevas pandemias. Hoy podríamos diseñar la vacuna covid en solo dos semanas.

¿Por qué ya somos tan rápidos?

Porque aplicamos la inteligencia artificial del RoseTTAFold. Pero el envejecimiento es un proceso complejo sobre el que apenas tenemos experiencia estadística: nunca tantos habían vivido tanto. Ahora necesitamos más hipótesis centrales de trabajo.

Y nosotros, a ustedes.

Tengo un gran equipo en el que destacan algunos científicos españoles brillantes. Por cierto: ¿la dieta mediterránea justifica la longevidad española por sí sola?

Tenemos un buen sistema de salud.

¡Ah! Eso es importante también.

 
 https://12ft.io/www.lavanguardia.com/lacontra/20230221/8771592/david-baker-hemos-logrado-crear-proteinas-revolucion-biomedica.html

 

 

 

https://www.lavanguardia.com/lacontra/20230221/8771592/david-baker-hemos-logrado-crear-proteinas-revolucion-biomedica.html

 

 

jueves, 16 de febrero de 2023

Recursos Bioinformatica/Microbiologia-Virologia

 

Recursos Bioinformatica

Attwood, T.K., Parry-Smith, D.J., Introducción a la Bioinformática, Pearson Education, 2002.

Bibliografia

Baldi, P., Brunak, S., Bioinformatics, MITPress, 1998.

Baxebanis, A.D., Oullette, F., Bioinformatics, John Wiley & Sons, 1998.

Lesk, A. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press, 2005.

Waterman, M.S., Introduction to computational biology maps, sequences and genomes,Chapman & Hall/CRC, 2000.

Recursos d’Internet

http://www.nih.gov/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

http://www.pdb.org/

http://www.ebi.ac.uk

http://www.uniprot.org/

http://www.rcsb.org/

http://www.genomesonline.org/index

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/

http://genome.ucsc.edu/ENCODE/

http://www.genome.gov/Encode/

http://www.nature.com/encode/#/threads

http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/

http://omim.org

http://www.1000genomes.org/home

http://www.genome.gov/

http://www.genome.gov/GWAStudies/

http://www.embl.de/

http://genes.mit.edu/GENSCAN.html

http://expasy.org/prosite/

http://prodom.prabi.fr/

http://pfam.sanger.ac.uk/

http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/

http://www.cathdb.info/

http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server/

http://www.vcclab.org/lab/edragon/

http://matisse.ucsd.edu/itp-bioinfo/links.html

http://sites.univ-provence.fr/~wabim/english/logligne.html

Biologia

Alberts B, Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K, Walter P. Biología Molecular de la Célula. 6ª Edición. Ediciones Omega S.A., 2016.

Recurso electrónico gratuito:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=mboc4.TOC&depth=2

Alberts B, Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K, Walter P. Molecular Biology of the Cell. 4th Edition. Garland Science, 2002.

  • Alberts B, Bray D, Hopkin K, Johnson AD, Lewis J, Raff M, Roberts K, Walter P. Essential Cell Biology. 5th Edition Garland Science, 2019.

Última versión del libro traducida al castellano:

Alberts B, Bray D, Hopkin K, Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K, Walter P. Introducción a la Biología Celular. 5ª Edición. Editorial Médica Panamericana, 2021.

 Cooper GM, Hausman RE. The Cell: A Molecular Approach. 8th Edition. Oxford University Press, 2019.

Última versión del libro traducido al castellano:

Cooper GM, Hausman RE. La Célula. 7ª Edición. Marbán Libros S.L., 2018.

Recurso electrónico gratuito:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=cooper.TOC&depth=2

Cooper GM. The Cell: A Molecular Approach. 2nd Edition. Sinauer Associates, 2000.

 Hardin J, Bertoni G. Becker's world of the Cell. 10th Edition. Pearson, 2022.

Última versión del libro traducido al castellano:

Becker WM, Kleinsmith LJ, Hardin J. El Mundo de la Célula. 6ª Edición. Pearson Educación SA., 2006.

  • Karp G, Iwasa J, Marshall W. Cell and molecular biology: Concepts and experiments. 9th Edition. Wiley, 2020.

Última versión del libro traducido al castellano:

Karp G. Biología Celular y molecular: Conceptos y experimentos. 8a Edición. McGraw-Hill Interamericana de España S.L., 2019.

  • Lodish H, Berk A, Kaiser CA, Krieger M, Bretscher A, Ploegh H, Amon A, Scott MP. Molecular Cell Biology. 9th Edition. WH Freeman and Company, 2021

Última versión del libro traducido al castellano:

Lodish H, Berk A, Matsudaira P, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP, Zipursky SL, Darnell J. Biología Celular y Molecular. 7ª Edición. Editorial Médica Panamericana, 2016.

Recurso electrónico gratuito:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=mcb.TOC

Lodish H, Berk A, Matsudaira P, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP, Zipursky SL, Darnell J. Molecular Cell Biology. 4th Edition. W H Freeman and Company, 2000.

 Paniagua R. Biología celular y molecular. 4a Edición. Mcgraw Hill, 2017

 Plopper G, Sharp D, Sikorski E. Lewin's Cells. 3rd Edition. Jones & Bartlett Learning, 2015.

 Cassimeris L, Lingappa VR, Plopper G. Lewin Células. 2a Edición. McGraw-Hill Interamericana de España S.L., 2012.

Microbiologia-Virologia

Madigan, M., JM Martinko, PV Dunlap, DP Clark. 2022. Brock Biology of Microorganisms. 16th ed. Prentice Hall. (global edition)

Willey, J, LM Sherwood, CJ Woolverton. 2009. Microbiología de Prescott, Harley y Klein. 7ª ed. MacGraw-Hill.

Prats, G. 2013. Microbiología y Parasitología Médicas. Ed. Médica Panamericana.

Martin González, A; Béjar Luque, V. 2019. Microbiologia Esencial. Editorial Médica Panamericana.

En este enlace se puede encontrar infografía preparada por el Servicio de Bibliotecas para facilitar la localización de libros electrónicos: https://ddd.uab.cat/record/224929

Lectura recomendada:

De Kruif, P. 1926. Los cazadores de microbios. Ediciones Nueva Fénix.

Blogs recomendados

Esos Pequeños bichitos

http://weblogs.madrimasd.org/microbiologia/

Blog Small things Considered

http://schaechter.asmblog.org/schaechter/

Páginas

http://www.semicrobiologia.org

Inmunologia

  • Inmunobiología de Janeway: K Murphy, P. Travers, M. Walport. MCGRAW-HILL / INTERAMERICANA DE MEXICO 7ª ed, (2010). ISBN: 9789701073476
  • Inmunología Celular y Molecular de A.Abbas, W. Lichtman, S Pillai.  Elsevier, 8ª ed, (2015). ISBN: 9788490228944
  • Introducción a la Inmunología Humana de L. Faimboim, J. Geffner.  Ed Medica Panamericana, 6ª ed (2011). ISBN: 9789500602709
  • Inmunología de Kuby by T.J. Kindt, R.A. Goldsby, B.A. Osborne. Mc Graw Hill 6ª ed., (2007).
  • Inmunología, Biología y Patología del Sistema Inmunitario de JR Regueiro, C López Larrea,S González Rodríguez, E Martínez Naves. Ed Médica Panamericana, 4ª ed, 2011.
  • Diccionari d'immunologia de TERMCAT, Centre de Terminologia, Ed Masson, Barcelona, 2005

Microbiologia medica

Bibliografía específica

Prats G. Microbiología y Parasitología médicas. Madrid. Ed. Médica Panamericana. 2013.
Murray PR., Rossental KS., Pfaller MA. Medical Microbiology. 9th Ed. Philadelphia. Elsevier. 2020.
Prats G. Microbiología clínica.
Madrid. Ed. Médica Panamericana. 2006.

Bibliografía de consulta

Mandell, Douglas y Bennett. Enfermedades Infecciosas. Principios y práctica. 9a Edición. Elsevier España. 2020.
Ausina V., Moreno Guillén S. Tratado SEIMC de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica. Madrid. Editorial Médica Panamericana. 2006

Farreras-Rozman. Medicina Interna. 19a Edición. Elsevier España. 2020.

Enlaces de interés

www.seimc.org

www.escmid.org

www.scmimc.org

www.asm.org

www.cdc.gov

Inmunologia enfermedades infecciosas

Primer to the Immune Response, 2nd Edition, by Tak W. Mak, Mary Saunders and Bradley Jett. 2n Edition, ELSEVIER (2014). ISBN: 9780123852458

Review of Medical Microbiology and Immunology by W. Levinson, P. Chin-Hong, E.A. Joyce, J. Nussbaum, B. Schwartz. McGraw-Hill, 16th edition, (2020). ISBN-13: 978-1260116717.

Deja Review Microbiology and Immunology. E. Chen, S. Kasturi. McGraw-Hill Ed. 2nd ed (2010). ISBN-13: 978-0071627153.

Elsevier's Integrated Review Immunology and Microbiology: With STUDENT CONSULT Online Access, by Jeffrey K. Actor - Elsevier Science Health Science Division (2012). ISBN: 978-0323074476.

BRS Microbiology and Immunology, by Arthur G. Johnson, Richard J. Ziegler, Louise Hawley. Lippincott Williams & Wilkins 5th (2009). ISBN: 9780781789127.

Janeway's Immunobiology by K. Murphy, C. Weaver. Ltd/Garland Science, NY & London, 9th ed (2016). ISBN: 9780815345053.

Kuby Immunology (with web support) by J. Punt, S. Stranford, P Jones and J. Owen.W.H. Freeman and Co. Ltd, 8th ed (2018). ISBN13: 9781319114701

Cellular and Molecular Immunology by Abul K. Abbas, Andrew H. Lichtman, Shiv Pillai, Saunders, 10th ed (2021). ISBN13: 978-0323757485.

Roitt's Essential Immunology, by Peter Delves, Seamus Martin, Dennis Burton, Ivan Roitt, Wiley-Blackwell Ed., 13th ed (2017). ISBN 9781118415771.

Principles of Mucosal Immunology (Society for Mucosal Immunology), by Phillip D. Smith, Thomas T. McDonald, Richard S. Blumberg Ed. Garland Science 2nd ed. (2020). ISBN 9780815345558.

Mim's Pathogenesis of Infectious disease. A.A; Nash, R.G. Dalziel & J. R. Fitzgerald. Academic Press Ed. 6th Edition. (2015). EBook ISBN: 978012397781; Paperback ISBN: 9780123971883

Principles of Molecular Virology.A.J Cann. Academic Press Ed. 6th Edition. (2016). EBook ISBN: 9780128019559; Paperback ISBN: 9780128019467.

Unifying Michobial Mechanisms. M. F. Cole. Garland Science 1st ed. (2019). eBook ISBN: 9780429262777.

 Complementary Bibliography 

Advances in Immunology

http://www.elsevier.com/wps/find/bookdescription.cws_home/716912/description#description

http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00652776

Annual Review of Immunology

http://arjournals.annualreviews.org/loi/immunol

Current Opinion in Immunology

http://www.elsevier.com/wps/find/journaldescription.cws_home/601305/description#description

http://www.sciencedirect.com/science/journal/09527915

Immunological Reviews

http://www3.interscience.wiley.com/journal/118503650/home

Nature Reviews in Immunology

http://www.nature.com/nri/index.html

Seminars in Immunology

http://www.elsevier.com/wps/find/journaldescription.cws_home/622945/description#description

Trends in Immunology

http://www.cell.com/trends/immunology/

Microbiology and Immunology

http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1111/%28ISSN%291348-0421

Journal of Microbiology, Immunology and Infection

http://www.e-jmii.com/

Comparative Immunology, Microbiology and Infectious Diseases

Nanobiotecnologia

1. Nanomedicine. An Introductory Textbook. Rob Burgess. Pan Stanford Publishing 2012.

2. Nanoparticles in translational science and medicine. Ed Antoni Villaverde, in “Progress in Molecular Biology and Translational Science and Medicine” Vol. 104, Elsevier, Amsterdam, 2011.

3. Nanobiotechnology. Eds. Christof Niemeyer and Chad Mirkin, 2004, Wiley-VCH.

4. Nanobiotechnology II. Eds. Chad Mirkin  and Christof Niemeyer, 2007, Wiley-VCH.

5. Bionanotechnology. Concepts and applications, by Ljiljana Fruk and Antonina Kerbs. Cambridge University Press 2021.

 

lunes, 13 de febrero de 2023

Machine Learning in Bioinformatics of Protein Sequences

 

Machine Learning in Bioinformatics of Protein Sequences cover

Machine Learning in Bioinformatics of Protein Sequences guides readers around the rapidly advancing world of cutting-edge machine learning applications in the protein bioinformatics field. Edited by bioinformatics expert, Dr Lukasz Kurgan, and with contributions by a dozen of accomplished researchers, this book provides a holistic view of the structural bioinformatics by covering a broad spectrum of algorithms, databases and software resources for the efficient and accurate prediction and characterization of functional and structural aspects of proteins. It spotlights key advances which include deep neural networks, natural language processing-based sequence embedding and covers a wide range of predictions which comprise of tertiary structure, secondary structure, residue contacts, intrinsic disorder, protein, peptide and nucleic acids-binding sites, hotspots, post-translational modification sites, and protein function. This volume is loaded with practical information that identifies and describes leading predictive tools, useful databases, webservers, and modern software platforms for the development of novel predictive tools.

Sample Chapter(s)
Preface
Chapter 1: Deep Learning Techniques for De novo Protein Structure Prediction

Contents:

  • Machine Learning Algorithms:
    • Deep Learning Techniques for De novo Protein Structure Prediction (Chunqiu Xia and Hong-Bin Shen)
  • Inputs for Machine Learning Models:
    • Application of Sequence Embedding in Protein Sequence-Based Predictions (Nabil Ibtehaz and Daisuke Kihara)
    • Applications of Natural Language Processing Techniques in Protein Structure and Function Prediction (Bin Liu, Ke Yan, Yi-He Pang, Jun Zhang, Jiang-Yi Shao, Yi-Jun Tang and Ning Wang)
    • NLP-based Encoding Techniques for Prediction of Post-translational Modification Sites and Protein Functions (Suresh Pokharel, Evgenii Sidorov, Doina Caragea and Dukka B KC)
    • Feature-Engineering from Protein Sequences to Predict Interaction Sites Using Machine Learning (Dana Mary Varghese, Ajay Arya and Shandar Ahmad)
  • Predictors of Protein Structure and Function:
    • Machine Learning Methods for Predicting Protein Contacts (Shuaa M A Alharbi and Liam J McGuffin)
    • Machine Learning for Protein Inter-Residue Interaction Prediction (Yang Li, Yan Liu and Dong-Jun Yu)
    • Machine Learning for Intrinsic Disorder Prediction (Bi Zhao and Lukasz Kurgan)
    • Sequence-Based Predictions of Residues that Bind Proteins and Peptides (Qianmu Yuan and Yuedong Yang)
    • Machine Learning Methods for Predicting Protein-Nucleic Acids Interactions (Min Li, Fuhao Zhang and Lukasz Kurgan)
    • Identification of Cancer Hotspot Residues and Driver Mutations Using Machine Learning (Medha Pandey, P Anoosha, Dhanusha Yesudhas and M Michael Gromiha)
  • Practical Resources:
    • Designing Effective Predictors of Protein Post-Translational Modifications Using iLearnPlus (Zhen Chen, Fuyi Li, Xiaoyu Wang, Yanan Wang, Lukasz Kurgan and Jiangning Song)
    • Databases of Protein Structure and Function Predictions at the Amino Acid Level (Bi Zhao and Lukasz Kurgan)

Readership: Graduate students and researchers in computational biology, bioinformatics, structural biology and computer science areas.

https://www.worldscientific.com/worldscibooks/10.1142/12899#t=aboutBook

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