#AprendeBioinformáticaEnCasa
Para seguir algunas de las clases será necesaria la instalación de
programas (gratuitos) y/o la descarga de archivos de datos con antelación. ¡Estad muy atentos a los requisitos!
Clases de bioinformática para la cuarentena
Si quieres aprender bioinformática aplicada a genómica y:
Organiza: BioinfoGP (bioinfogp@cnb.csic.es)
Referencias:
Herramientas utilizadas durante el curso: References_AprendeBioinfomaticaEnCasa2020.pdf Todas las clases:
Lunes, 01 de junio de 2020 "Detección de variantes genómicas (SNP) mediante secuenciación masiva" Profesor: Juan Carlos Oliveros Collazos En esta última clase utilizaremos el entorno UNIX para alinear lecturas cortas y detectar variaciones en el genoma del SARS-CoV-2. Visualizaremos los resultados con IGV. INSTALACIÓN REQUERIDA: Para el total aprovechamiento de la clase, será necesario tener instalado un entorno UNIX (o linux) tal y como se explicó en las clases del 13 y 20 de abril. Dedicaremos los primeros minutos de la clase a instalar algunos comandos adicionales.
Lunes, 25 de mayo de 2020 "Alineamientos múltiples de secuencias biológicas" Profesor: Rafael Torres Pérez Tan importante como llevar a cabo un buen alineamiento con estas herramientas automáticas es la visualización, edición y representación de los resultados. JalView se presenta como una herramienta muy apropiada es estos aspectos, además de ofrecer conexiones con otras utilidades que complementan la información obtenida a partir del alineamiento. INSTALACIÓN REQUERIDA: Usaremos la popular aplicación Jalview. Será necesario que esté instalada en el ordenador antes de la clase del lunes. Instrucciones :Installing_Jalview.pdf Como siempre, no olvidéis descargar y, en su caso, descomprimir todos los archivos de datos antes del comienzo de la sesión.
Lunes, 18 de mayo de 2020 "Redes de interacciones proteína-proteína: tipos y herramientas para su visualización" Profesor: Juan Carlos Oliveros Collazos En esta clase describiremos herramientas y aprenderemos técnicas para añadir información de interacciones proteína-proteína a resultados de proyectos de genómica cuantitativa. INSTALACIÓN REQUERIDA: Usaremos la popular aplicación Cytoscape. Será necesario que esté instalada en el ordenador antes de la clase del lunes. Como siempre, no olvidéis descargar todos los archivos de datos antes del comienzo de la sesión. (NOTA: Para descomprimir archivos ".gz" sin necesidad de utilizar funciones de R, recomendamos a los usuarios de Windows el programa: 7zip).
Lunes, 11 de mayo de 2020 "Técnicas para la interpretación funcional de resultados de RNA-seq" Profesor: Juan Carlos Oliveros Collazos En esta clase mostraremos algunas de estas herramientas, las aplicaremos al proyecto comenzado en las clases anteriores y hablaremos de sus virtudes y, sobre todo, de sus limitaciones. Para el correcto seguimiento de esta clase es muy recomendable haber seguido las anteriores. IMPORTANTE: Usaremos la popular aplicación Gene Set Enrichment Analysis, del Broad Institute, disponible AQUÍ. Elegid la versión específica para vuestro sistema operativo (uno de los tres primeros enlaces, para MacOS, Windows o Linux) e instaladla en vuestro ordenador antes de la clase del lunes. Como siempre, no olvidéis descargar todos los archivos de datos antes del comienzo de la sesión.
Lunes, 04 de mayo de 2020 "RNA-seq con R: Técnicas para una buena gestión de las muestras. Incorporación de anotaciones funcionales" Profesor: Juan Carlos Oliveros Collazos Para el correcto seguimiento de esta clase es muy recomendable haber seguido las anteriores. Accederemos a la plataforma on-line Biomart y volveremos a utilizar las siguientes aplicaciones instaladas en nuestro ordenador: Lenguaje R, samtools e IGV. No olvidéis descargar todos los archivos de datos antes del comienzo de la sesión.
Lunes, 27 de abril de 2020 "Introducción práctica a Ensembl: visualización y recuperación de información genómica de interés" Profesor: Rafael Torres Pérez En esta sesión práctica veremos qué tipos de información relevante podemos consultar en este valioso recurso y cómo obtener secuencias y anotaciones de los elementos constitutivos de los genomas (regiones reguladoras, genes y proteínas).
Lunes, 20 de abril de 2020 "Herramientas de línea de comandos UNIX para la manipulación y análisis de datos genómicos" (segunda parte) Profesor: Juan Antonio García Martín Requisitos y programas necesarios:
Lunes, 13 de abril de 2020 "Herramientas de línea de comandos UNIX para la manipulación y análisis de datos genómicos" Profesor: Juan Antonio García Martín Requisitos y programas necesarios:
Lunes, 06 de abril de 2020 "Análisis diferencial de la expresión génica (RNA-seq) con R (segunda parte)" Profesor: Juan Carlos Oliveros Collazos Programas necesarios:
Lunes, 30 de marzo de 2020 "Análisis diferencial de la expresión génica (RNA-seq) con R" Profesor: Juan Carlos Oliveros Collazos Programas necesarios:
Lunes, 23 de marzo de 2020 "Introducción al alineamiento genómico de secuencias cortas con R y visualización de resultados con IGV" Profesor: Juan Carlos Oliveros Collazos Programas necesarios:
https://bioinfogp.cnb.csic.es/courses/quedateencasa/?fbclid=IwAR2mf3HaevzT6N7iftuDW93UYwKNPaezFPSmIyOQk2ONReGsJ8E-wNxcCBE -------------------------------- Enlaces https://www.twitch.tv/videos/638931511 ----- Index of /courses/quedateencasa/25_05_2020
DownloadDownload 7-Zip 19.00 (2019-02-21) for Windows:
Download 7-Zip 16.04 (2016-10-04) for Windows:
Download 7-Zip 9.20 (2010-11-18) for Windows:
You can download any versions of 7-Zip (including latest beta versions) from SourceForge: Download p7zip for Linux (Posix) (x86 binaries and source code): p7zip is the command line version of 7-Zip for Linux / Unix, made by an independent developer. Some unofficial p7zip packages for Linux and other systems: Index of /courses/quedateencasa/11_05_2020
Index of /courses/quedateencasa/23_03_2020
Index of /courses/quedateencasa/01_06_2020
http://www.jalview.org/getdown/release/ https://cytoscape.org/ https://www.gsea-msigdb.org/gsea/login.jsp;jsessionid=3F4F9501CA7A28B0A44A1B1A4157BF08 https://www.ensembl.org/index.html https://mobaxterm.mobatek.net/download.html http://ensemblgenomes.org/ http://www.htslib.org/doc/samtools.html http://www.htslib.org/ https://github.com/jchenpku/bedtools2-cygwin/releases https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ http://software.broadinstitute.org/software/igv/ http://www.jalview.org/getdown/release/ https://cran.r-project.org/ https://bioinfogp.cnb.csic.es/courses/quedateencasa/index.html |
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Si no te gustan las clases, también puedes donar :-) ¡Gracias!
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Marta Bueno
Al
involucrarnos en la maravillosa travesía de aprender podemos soñar con
mejorar de una vez el idioma que se nos resiste, tocar el instrumento
deseado, practicar el deporte que nos divierta más, atender la labor de
costura más delicada, preparar las recetas más exquisitas, repasar los
artistas más célebres del Renacimiento italiano o atreverse a poner en
práctica la teoría sobre injertos en el nogal del jardín. Todos estos
deseos podremos llevarlos a cabo sin perder esa pasión y utilizando los
recursos adecuados. Entre los que han sido demostrados en
investigaciones recientes se encuentran las siguientes herramientas:
Un
equipo dirigido por Jay Pratt, de la Universidad de Toronto, descubrió
que las personas que eran expertos jugadores de estos videojuegos,
aprendían más rápido una tarea que involucrara la coordinación mano-ojo,
algo que se usa mucho, por ejemplo, en bastantes laboratorios. Su
tiempo de juego era de seis a ocho horas a la semana y su práctica
aceleraba la capacidad de una persona para construir los patrones
neuronales necesarios para una acción coordinada mano-ojo. Los juegos de
acción tienen niveles que van subiendo en dificultad y exigen a los
sistemas visuales, cognitivos y sensoriomotores una precisión cada vez
más acelerada para superar esas pantallas. Con ese entrenamiento
nuestros sistemas cerebrales se van modificando y son cada vez más
eficientes. Cuando tengamos que desarrollar una habilidad
sensoriomotora, nuestras conexiones neuronales ya tienen parte del
trabajo hecho si somos unos expertos en el Call of Duty.
Descubrió
que cuanto mayor era la actividad en esas dos regiones, mejor
recordaban después los voluntarios las imágenes mostradas. Así, durante
los períodos de descanso se genera una activación de áreas implicadas en
la consolidación de aprendizajes. De esta manera, si acabamos de
estudiar una lista de vocabulario o intentamos memorizar algunas fechas
históricas clave, lo mejor es hacer un descanso tras el período de
atención.
Cuando
indicamos a algún alumno que debe preparar una charla para explicar un
contenido a sus compañeros, lo aprenderá mejor. Incluso nos podemos
engañar a nosotros mismos imaginando nuestra próxima ponencia sobre lo
que estamos tratando de aprender en este momento. Hay muchos beneficios
cognitivos bien conocidos cuando nos preguntamos si somos capaces de
reformular lo aprendido en nuestras propias palabras. Esto conduce a la
recuperación activa de la memoria y ayuda a organizar los pensamientos
en esquemas lógicos. Además identificamos qué es lo que no hemos
aprendido todavía bien y repasaremos esto que nos falta. Es una
magnífica estrategia de aprendizaje.
Salvo
algunos países con estado prácticamente inexistente y otros gobernados
por imbéciles, la mayor parte del mundo se ha puesto en un confinamiento
estricto como única medida eficaz para detener la progresión de la
pandemia, hasta que tengamos una vacuna, unos antivirales apropiados, exista protección de rebaño o el virus pierda virulencia.
Mientras
escribo esto, es evidente que las medidas han salvado muchas vidas,
pero también que muchas personas trasladan su preocupación al negro
panorama de la economía y que muchas otras parecen no ser conscientes de
la gravedad de la situación, de los riesgos que implica cualquier
contacto interpersonal y creen, sin ningún fundamento, que a ellos no
les puede pasar nada, o simplemente no piensan y corren riesgos
absurdos.
Estas
tres características: novedad, inseguridad y amenaza son aspectos que
afectan con claridad a nuestro funcionamiento cerebral. El estrés genera
daño neuronal y se nos suman problemas reales como que muchas personas
han perdido a seres queridos o que las estrategias de afrontamiento
habituales, como sentir el calor y la cercanía de nuestra familia y
amigos, no están disponibles por el obligado distanciamiento social. Es
un problema evidente: un estudio publicado en Lancet Psychiatry mostraba
que los ciudadanos del Reino Unido mostraban niveles superiores de
ansiedad, depresión y estrés, así como preocupación sobre el
confinamiento. La OMS ha alertado de que en estas circunstancias
aumentan los niveles de soledad, depresión, el uso dañino de alcohol y
otros drogas y el daño personal incluyendo el suicidio.
El
aislamiento puede incluso hacer que las personas sean más vulnerables a
la enfermedad que se pretende evitar: los investigadores han detectado
que «el sistema inmunológico de una persona solitaria responde de manera
diferente a la lucha contra los virus, haciéndolos más propensos a
desarrollar una enfermedad». Nuestro sistema nervioso está
intrincadamente relacionado con nuestro sistema endocrino y nuestro
sistema inmunitario.
mientras que había otros que estaban siempre pendientes de la última noticia, de la cifra más reciente.
En
el caso de la ansiedad, el porcentaje subió del 17 al 36%. Sin embargo,
nuestro cerebro tiene sistemas de afrontar las situaciones difíciles y
para ambos parámetros en unas pocas semanas los niveles de ansiedad y
depresión se estabilizaron en torno al 20%. Es el resultado de otra de
las capacidades de nuestro sistema nervioso, la resiliencia.
De
hecho los datos de Bentall indican que la situación ha sido peor en la
población urbana, que en la de zonas rurales. Otro factor de impacto muy
variable son las condiciones de trabajo, las habituales y las del
confinamiento. Hay personas, muchos escritores han sido entrevistados
por la radio, que tienen un sistema de vida prácticamente igual a antes
de la pandemia, otros que han descubierto con agrado el teletrabajo y
finalmente otros han perdido el empleo o han tenido que realizarlo en
condiciones de una especial dureza, como puede haber sido el personal
sanitario. Será necesario evaluar el coste, no solo entre los enfermos,
sino entre toda la sociedad.
Es
útil prestar apoyo comunitario a las personas que viven solas y alertar
a las familias y los amigos para que tomen medidas proactivas y estén
pendientes de sus allegados. Es fundamental que la ayuda a las personas
sufriendo sea fácilmente accesible.
Otros
factores importantes son tener actividades con las que llenar nuestro
día y que nos hagan sentirnos útiles; tener contacto social a través del
teléfono, viéndonos en el balcón o haciendo videoconferencias; disponer
de víveres y los demás elementos de primera necesidad y sentir que
vamos a ser capaces de volver a una normalidad antes o después. Otra
estrategia que ayuda, tanto al que da como al que recibe, es hacer algún
tipo de voluntariado. No hace falta apuntarse a una ONG, puede ser
llamar a una vecina mayor a ver cómo van las cosas o llevar comida a una
madre que tiene varios pequeños y dificultades para salir a hacer la
compra con ellos. Nuestro cerebro encuentra también placer con la
creatividad, algo que estamos viendo que mucha gente hace muy bien, de
hacer «booktrailers» a manualidades.
También
ten cuidado con no difundir bulos. Lo vemos a nivel mundial, falsos
tratamientos, lejías, fármacos cuya utilidad nadie ha demostrado, los
engaños típicos de los vendedores de crecepelo. Piensa en las cosas que
te gustan, en las que en el pasado te han hecho sentir tranquilo y
estable. Puede ser leer o colocar sellos. Recupera viejos disfrutes.
En
cualquier caso es importante entender que el otro es distinto, que
puede llevarlo de otra manera y no debe enfadarnos ni hacer que nos
volvamos uno contra el otro. Aun así muchas veces un miembro de la
pareja puede opinar que el otro no le entiende, que es un tranquilo o
que se agobia en exceso y sin que valga para nada. El problema surge
cuando piensa que el otro no se preocupa por él o ella. También puede
haber una especie de claustrofobia psicológica, un sentimiento de que no
se tiene suficiente espacio mental.
Lo
que no ayuda es el pánico, explica cuáles son los riesgos y lo que
puede hacer para reducirlos. Hablar de estas cosas puede ayudarte y
hacer sentir a tu pareja que eres solidario y comprensivo.