Aprende Bioinformática En Casa

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Para seguir algunas de las clases será necesaria la instalación de programas (gratuitos) y/o la descarga de archivos de datos con antelación. ¡Estad muy atentos a los requisitos!

Clases de bioinformática para la cuarentena Si quieres aprender bioinformática aplicada a genómica y: dispones de un ordenador con 4GB de RAM o más, con procesador de 4 núcleos o más, con sistema operativo de 64bit o más :-) Puede que este curso te interese. Tuvo lugar entre el 23 de marzo y el 1 de junio de 2020, durante la cuarentena provocada por la pandemia de COVID-19 provocada por el SARS-CoV-2. Organiza: BioinfoGP (bioinfogp@cnb.csic.es) Referencias: Herramientas utilizadas durante el curso: References_AprendeBioinfomaticaEnCasa2020.pdf Todas las clases: Lunes, 01 de junio de 2020 "Detección de variantes genómicas (SNP) mediante secuenciación masiva" Profesor: Juan Carlos Oliveros Collazos Una de las principales aplicaciones de la secuenciación masiva consiste en la determinación de variantes en secuencias genómicas. Durante el proceso de alineamiento de lecturas cortas, el estudio de las no-coincidencias puntuales con la secuencia de referencia permite detectar cambios en dicha secuencia y, gracias a la redundancia obtenida, encontrar variaciones consistentes que no sean simples errores de secuenciación.   En esta última clase utilizaremos el entorno UNIX para alinear lecturas cortas y detectar variaciones en el genoma del SARS-CoV-2. Visualizaremos los resultados con IGV.   INSTALACIÓN REQUERIDA: Para el total aprovechamiento de la clase, será necesario tener instalado un entorno UNIX (o linux) tal y como se explicó en las clases del 13 y 20 de abril. Dedicaremos los primeros minutos de la clase a instalar algunos comandos adicionales. Vídeo (twitch) Datos Lunes, 25 de mayo de 2020 "Alineamientos múltiples de secuencias biológicas" Profesor: Rafael Torres Pérez El alineamiento múltiple de secuencias (MSA, por sus siglas en inglés) es un método para comparar entre sí un grupo de secuencias en principio relacionadas de proteínas, ADN o ARN. Nos fijaremos en cuál es su fundamento, cómo es el modelo para representar las secuencias alineadas y usaremos herramientas fácilmente accesibles y ejecutables en la web, como MAFFT o MUSCLE, que siguen diversas aproximaciones para realizar MSA.   Tan importante como llevar a cabo un buen alineamiento con estas herramientas automáticas es la visualización, edición y representación de los resultados. JalView se presenta como una herramienta muy apropiada es estos aspectos, además de ofrecer conexiones con otras utilidades que complementan la información obtenida a partir del alineamiento.   INSTALACIÓN REQUERIDA: Usaremos la popular aplicación Jalview. Será necesario que esté instalada en el ordenador antes de la clase del lunes. Instrucciones :Installing_Jalview.pdf   Como siempre, no olvidéis descargar y, en su caso, descomprimir todos los archivos de datos antes del comienzo de la sesión.   Vídeo (twitch) Datos Lunes, 18 de mayo de 2020 "Redes de interacciones proteína-proteína: tipos y herramientas para su visualización" Profesor: Juan Carlos Oliveros Collazos Durante décadas, los investigadores han recopilado información sobre todo tipo de interacciones entre proteínas y, hoy en día, tenemos a nuestra disposición bases de datos y herramientas para su análisis y visualización.   En esta clase describiremos herramientas y aprenderemos técnicas para añadir información de interacciones proteína-proteína a resultados de proyectos de genómica cuantitativa.   INSTALACIÓN REQUERIDA: Usaremos la popular aplicación Cytoscape. Será necesario que esté instalada en el ordenador antes de la clase del lunes.   Como siempre, no olvidéis descargar todos los archivos de datos antes del comienzo de la sesión.   (NOTA: Para descomprimir archivos ".gz" sin necesidad de utilizar funciones de R, recomendamos a los usuarios de Windows el programa: 7zip). Vídeo (twitch) Datos Lunes, 11 de mayo de 2020 "Técnicas para la interpretación funcional de resultados de RNA-seq" Profesor: Juan Carlos Oliveros Collazos Un protocolo típico de RNA-seq genera una tabla de resultados numéricos (log2Ratios, p-values, counts...) asociados a cada elemento genómico considerado. En general, la interpretación de dichos resultados se puede hacer a nivel de genes individuales o a nivel de grupos funcionales. Existen multitud de herramientas bioinformáticas que facilitan dicha interpretación.   En esta clase mostraremos algunas de estas herramientas, las aplicaremos al proyecto comenzado en las clases anteriores y hablaremos de sus virtudes y, sobre todo, de sus limitaciones.   Para el correcto seguimiento de esta clase es muy recomendable haber seguido las anteriores.   IMPORTANTE: Usaremos la popular aplicación Gene Set Enrichment Analysis, del Broad Institute, disponible AQUÍ. Elegid la versión específica para vuestro sistema operativo (uno de los tres primeros enlaces, para MacOS, Windows o Linux) e instaladla en vuestro ordenador antes de la clase del lunes.   Como siempre, no olvidéis descargar todos los archivos de datos antes del comienzo de la sesión. Vídeo 1 (twitch) Vídeo 2 (twitch) Datos Lunes, 04 de mayo de 2020 "RNA-seq con R: Técnicas para una buena gestión de las muestras. Incorporación de anotaciones funcionales" Profesor: Juan Carlos Oliveros Collazos Combinaremos distintas herramientas y entornos para completar nuestro proyecto de RNA-seq: aprenderemos técnicas para crear protocolos robustos, evaluaremos el efecto de eliminar alineamientos duplicados y añadiremos anotaciones funcionales a los resultados numéricos.   Para el correcto seguimiento de esta clase es muy recomendable haber seguido las anteriores. Accederemos a la plataforma on-line Biomart y volveremos a utilizar las siguientes aplicaciones instaladas en nuestro ordenador: Lenguaje R, samtools e IGV.   No olvidéis descargar todos los archivos de datos antes del comienzo de la sesión. Vídeo (twitch) Datos Lunes, 27 de abril de 2020 "Introducción práctica a Ensembl: visualización y recuperación de información genómica de interés" Profesor: Rafael Torres Pérez La plataforma Ensembl (www.ensembl.org y www.ensemblgenomes.org) integra datos y anotaciones genómicas de gran cantidad de especies. Incluye herramientas que facilitan el acceso a la información a través de un visualizador genómico que interrelaciona contenidos y permite su fácil recuperación por el usuario.   En esta sesión práctica veremos qué tipos de información relevante podemos consultar en este valioso recurso y cómo obtener secuencias y anotaciones de los elementos constitutivos de los genomas (regiones reguladoras, genes y proteínas). Vídeo 1 (twitch) Vídeo 2 (twitch) Datos Lunes, 20 de abril de 2020 "Herramientas de línea de comandos UNIX para la manipulación y análisis de datos genómicos" (segunda parte) Profesor: Juan Antonio García Martín Durante esta(s) sesion(es) conoceremos herramientas que permiten el uso de lineas de comandos y programas UNIX sobre Windows, y aprenderemos los comandos básicos de UNIX para la navegación en el sistema de directorios, así como para la visualización y manipulación de archivos. Finalmente, se introducirá al uso de Samtools y Bedtools, que son respectivamente los programas de linea de comandos más extendidos para la manipulación de archivos de alineamientos (SAM, BAM) y archivos de datos asociados a coordenadas cromosómicas (BED, GFF). Requisitos y programas necesarios: -(Para usuarios de Windows) se requiere la instalación previa del Subsistema de Windows para Linux (WSL), disponible para Windows 10, y la descarga de Ubuntu desde la Microsoft Store (ver guía). O en su defecto (aunque no se recomienda excepto para usuarios con versiones anteriores de Windows) la instalación de la versión gratuita de MobaXterm, disponible aquí -(Para los usuarios de Mac OSX) se requiere la instalación previa de Xcode Command Line Tools (ver guía) -Samtools (última versión disponible 1.10): Comandos para la manipulación de archivos de alineamientos (Manual) -Bedtools (última versión disponible 2.29.2) (versión para MobaXterm aquí): Comandos para la manipulación de archivos de datos asociados a coordenadas cromosómicas (Manual) -Integrative Genomics Viewer (IGV): Programa muy popular para visualizar genomas y datos asociados a coordenadas cromosómicas Vídeo (twitch) Datos Lunes, 13 de abril de 2020 "Herramientas de línea de comandos UNIX para la manipulación y análisis de datos genómicos" Profesor: Juan Antonio García Martín Durante esta(s) sesion(es) conoceremos herramientas que permiten el uso de lineas de comandos y programas UNIX sobre Windows, y aprenderemos los comandos básicos de UNIX para la navegación en el sistema de directorios, así como para la visualización y manipulación de archivos. Finalmente, se introducirá al uso de Samtools y Bedtools, que son respectivamente los programas de linea de comandos más extendidos para la manipulación de archivos de alineamientos (SAM, BAM) y archivos de datos asociados a coordenadas cromosómicas (BED, GFF). Requisitos y programas necesarios: -(Para usuarios de Windows) se requiere la instalación previa del Subsistema de Windows para Linux (WSL), disponible para Windows 10, y la descarga de Ubuntu desde la Microsoft Store (ver guía). O en su defecto (aunque no se recomienda excepto para usuarios con versiones anteriores de Windows) la instalación de la versión gratuita de MobaXterm, disponible aquí -(Para los usuarios de Mac OSX) se requiere la instalación previa de Xcode Command Line Tools (ver guía) -Samtools (última versión disponible 1.10): Comandos para la manipulación de archivos de alineamientos (Manual) -Bedtools (última versión disponible 2.29.2) (versión para MobaXterm aquí): Comandos para la manipulación de archivos de datos asociados a coordenadas cromosómicas (Manual) -Integrative Genomics Viewer (IGV): Programa muy popular para visualizar genomas y datos asociados a coordenadas cromosómicas Vídeo (twitch) Datos Lunes, 06 de abril de 2020 "Análisis diferencial de la expresión génica (RNA-seq) con R (segunda parte)" Profesor: Juan Carlos Oliveros Collazos Programas necesarios: Lenguaje R: Lenguaje de programación estadística muy popular. Usaremos la versión de 64bit. Integrative Genomics Viewer (IGV): Programa muy popular para visualizar genomas y datos asociados a coordenadas cromosómicas. Vídeo (twitch) Datos Lunes, 30 de marzo de 2020 "Análisis diferencial de la expresión génica (RNA-seq) con R" Profesor: Juan Carlos Oliveros Collazos Programas necesarios: Lenguaje R: Lenguaje de programación estadística muy popular. Usaremos la versión de 64bit. Integrative Genomics Viewer (IGV): Programa muy popular para visualizar genomas y datos asociados a coordenadas cromosómicas. Datos Lunes, 23 de marzo de 2020 "Introducción al alineamiento genómico de secuencias cortas con R y visualización de resultados con IGV" Profesor: Juan Carlos Oliveros Collazos Programas necesarios: Integrative Genomics Viewer (IGV): Programa muy popular para visualizar genomas y datos asociados a coordenadas cromosómicas. Datos Lenguaje R: Lenguaje de programación estadística muy popular. Usaremos la versión de 64bit. https://bioinfogp.cnb.csic.es/courses/quedateencasa/?fbclid=IwAR2mf3HaevzT6N7iftuDW93UYwKNPaezFPSmIyOQk2ONReGsJ8E-wNxcCBE -------------------------------- Enlaces https://www.twitch.tv/videos/638931511 ----- Index of /courses/quedateencasa/25_05_2020 Name Last modified Size Description Parent Directory   -   4-5-Jalview-proyects.zip 2020-05-27 14:12 3.1M   Installing_Jalview.pdf 2020-05-21 13:24 491K   MSA_exercises.docx 2020-05-21 13:24 11K   MSA_exercises.odt 2020-05-21 13:24 19K   MSA_exercises.pdf 2020-05-21 13:24 86K   Materials.zip 2020-05-21 13:24 1.0M   Presentation_MSA_notes_final.pdf 2020-05-27 14:12 2.1M   mafft-10ProteinS-alignment.fa 2020-05-25 08:38 18K   mafft-20DNA-alignment.fa 2020-05-25 08:51 618K   Download Download 7-Zip 19.00 (2019-02-21) for Windows: Link Type Windows Description Download .exe 32-bit x86 7-Zip for 32-bit Windows Download .exe 64-bit x64 7-Zip for 64-bit Windows x64 (Intel 64 or AMD64) Download .7z x86 / x64 7-Zip Extra: standalone console version, 7z DLL, Plugin for Far Manager Download .7z Any 7-Zip Source code Download .7z Any / x86 / x64 LZMA SDK: (C, C++, C#, Java) Download .msi 32-bit x86 (alternative MSI installer) 7-Zip for 32-bit Windows Download .msi 64-bit x64 (alternative MSI installer) 7-Zip for 64-bit Windows x64 (Intel 64 or AMD64) Download 7-Zip 16.04 (2016-10-04) for Windows: Link Type Windows Description Download .exe 32-bit x86 7-Zip for 32-bit Windows Download .exe 64-bit x64 7-Zip for 64-bit Windows x64 (Intel 64 or AMD64) Download .7z x86 / x64 7-Zip Extra: standalone console version, 7z DLL, Plugin for Far Manager Download .7z Any 7-Zip Source code Download .7z Any / x86 / x64 LZMA SDK: (C, C++, C#, Java) Download .msi 32-bit x86 (alternative MSI installer) 7-Zip for 32-bit Windows Download .msi 64-bit x64 (alternative MSI installer) 7-Zip for 64-bit Windows x64 (Intel 64 or AMD64) Download 7-Zip 9.20 (2010-11-18) for Windows: Link Type Windows Description Download .exe 32-bit x86 7-Zip for 32-bit Windows Download .msi Download .msi 64-bit x64 7-Zip for 64-bit Windows x64 (Intel 64 or AMD64) Download .msi IA-64 7-Zip for Windows IA-64 (Itanium) Download .exe ARM-WinCE 7-Zip for Windows Mobile / Windows CE (ARM) Download .zip 32-bit 7-Zip Command Line Version Download .tar.bz2 Any 7-Zip Source code Download .7z 32-bit 7-Zip Extra: 7z Library, SFXs for installers, Plugin for Fare Manager Download .tar.bz2 Any LZMA SDK (C, C++, C#, Java) You can download any versions of 7-Zip (including latest beta versions) from SourceForge: 7-Zip files at SourceForge 7-Zip at SourceForge Download p7zip for Linux (Posix) (x86 binaries and source code): Download p7zip p7zip at SourceForge p7zip is the command line version of 7-Zip for Linux / Unix, made by an independent developer. Some unofficial p7zip packages for Linux and other systems: p7zip for Debian (and Ubuntu) p7zip for Fedora Core p7zip for Gentoo p7zip for AltLinux.org p7zip for FreeBSD keka - the free Mac OS X file archiver p7zip for Amiga p7zip for Solaris p7zip for AIX Index of /courses/quedateencasa/11_05_2020 Name Last modified Size Description Parent Directory   -   FIESTABLE_pH3C004_vs_PH5C004_complete_fastq.tsv 2020-05-05 15:35 2.7M   FIESTABLE_pH3C004_vs_PH5C004_complete_fastq_nodups.tsv 2020-05-05 15:35 2.7M   FIESTA_pH3C004_vs_PH5C004.zip 2020-05-13 09:22 2.4M   FIESTA_pH3C004_vs_PH5C004_nodups.zip 2020-05-13 09:22 2.3M   FunctionalEnrichment.pdf 2020-05-13 09:59 97K   P3_vs_P5.GseaPreranked.1589195030860.zip 2020-05-13 09:23 4.4M   Scerevisiae_ENSEMBL100_GO.gmt 2020-05-05 15:35 1.6M   log_11_05_2020.txt 2020-05-13 09:22 1.9K   mart_export_Scerevisiae_ENSEMBL100_Genes_GO.txt 2020-05-11 09:17 25M   my_filtered_results_logRatio1_FDR0.05.tsv 2020-05-13 09:22 182K   my_filtered_results_logRatio1_FDR0.05_nodups.tsv 2020-05-13 09:22 151K   Index of /courses/quedateencasa/23_03_2020 Name Last modified Size Description Parent Directory   -   1M_SRR9336457.fastq.gz 2020-03-20 10:37 46M   1M_SRR9336468_1.fastq.gz 2020-03-20 10:42 70M   1M_SRR9336468_2.fastq.gz 2020-03-20 10:42 73M   Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.99.gff3.gz 2020-03-20 10:36 1.0M   Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna.toplevel.fa.gz 2020-03-20 10:36 3.6M   log.txt Index of /courses/quedateencasa/01_06_2020 Name Last modified Size Description Parent Directory   -   SARS-CoV-2_alignments.zip 2020-05-27 15:00 2.4G   SARS-CoV-2_vcf.zip 2020-05-27 14:54 67K   SARS-CoV-2_vcf_annotated.zip 2020-05-27 14:54 103K   ena_files.zip 2020-05-27 13:42 3.7G   genes_and_genomes.zip 2020-05-27 14:55 4.7M   log-01-06-2020.txt 2020-06-02 12:40 3.0K   yeast_vcf.zip 2020-05-27 14:55 3.3M   yeast_vcf_annotated.zip 2020-05-27 14:55 5.7M   http://www.jalview.org/getdown/release/ https://cytoscape.org/ https://www.gsea-msigdb.org/gsea/login.jsp;jsessionid=3F4F9501CA7A28B0A44A1B1A4157BF08 https://www.ensembl.org/index.html https://mobaxterm.mobatek.net/download.html http://ensemblgenomes.org/ http://www.htslib.org/doc/samtools.html http://www.htslib.org/ https://github.com/jchenpku/bedtools2-cygwin/releases https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ http://software.broadinstitute.org/software/igv/ http://www.jalview.org/getdown/release/ https://cran.r-project.org/ https://bioinfogp.cnb.csic.es/courses/quedateencasa/index.html

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