¿Qué significa aislar un virus? ¿qué significa secuenciar un virus?

 ¿Qué significa aislar un virus? Aislar un virus significa tomar una muestra pura de un virus de un ser infectado para poder estudiarlo.

Para ello, en primer lugar se obtiene una muestra de un paciente infectado y se somete a un filtrado en el que se garantiza que no tiene bacterias para poder inocular en un cultivo celular, donde normalmente se aíslan los virus.

El filtrado es inoculado en cultivos celulares de células susceptibles de ser infectadas. En ellas, tanto el coronavirus como otros virus generan un efecto observable. Así, al localizarlo, es congelado y extraído.

 

 

¿El SARS-CoV-2 ha sido aislado? Sí. En realidad, hay muchísimos ejemplos de científicos que lo hicieron. El 10 de enero de 2020, Xu Jianguo, director del Laboratorio Estatal clave para la Prevención y el Control de Enfermedades Infecciosas con sede en Beijing, confirmó en una entrevista a 'Science' que el virus ya había sido aislado a partir de muestras de un paciente por parte de dos grupos diferentes.

https://www.science.org/content/article/mystery-virus-found-wuhan-resembles-bat-viruses-not-sars-chinese-scientist-says

El 31 de enero de 2020, por ejemplo, el Institut Pasteur confirmó en una nota que había aislado el SARS-CoV-2 (aún conocido como 2019-NCoV por aquella época), de muestras extraídas de los primeros casos detectados en Francia.

https://www.pasteur.fr/fr/espace-presse/documents-presse/institut-pasteur-isole-souches-du-coronavirus-2019-ncov-detecte-france

Uno de los primeros estudios que se publicaron en este sentido fue recogido en 'Journal of Korean Medical Science' el 18 de febrero de 2020.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7036342/

   Se trató de un trabajo que aisló el virus de la muestra orofaríngea que los investigadores obtuvieron del paciente con la primera infección confirmada por laboratorio en Corea.

El 7 de marzo de 2020 se publicaba un preprint sobre el aislamiento y la caracterización del SARS-CoV-2 en el primer paciente de Estados Unidos registrado con COVID-19.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.02.972935v2

También se aisló y caracterizó el genoma del SARS-CoV-2 de casos de COVID-19 en el norte de Italia.

https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.00543-20

Mientras que dos equipos de Canadá también aislaron el virus para su estudio: uno en la Universidad de Saskatchewan y otro con investigadores de la Universidad McMaster, la Universidad de Toronto y el Centro de Ciencias de la Salud Sunnybrook.   

https://brighterworld.mcmaster.ca/articles/mcmaster-researcher-plays-key-role-in-isolating-covid-19-virus-for-use-in-urgent-research/

En España, el Servicio General de Apoyo a la Investigación (SAI) de la Universidad de Zaragoza aisló y caracterizó el SARS-CoV-2. Y publicaron, en junio de 2020, además, las imágenes microscópicas del virus aislado.

https://www.unizar.es/noticias/el-sai-de-la-universidad-de-zaragoza-obtiene-imagenes-microscopicas-del-primer-0

O en 'Plos One' el 24 de febrero de 2021

https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0247524   

https://maldita.es/malditaciencia/20220127/aislar-purificar-secuenciar-virus/ 

https://www.virology.ws/2021/02/25/understanding-virus-isolates-variants-strains-and-more/

¿qué significa secuenciar un virus? "La secuenciación genética es una tecnología que permite conocer y descifrar el código genético que tienen todos los seres vivos".

Así, es posible conocer la secuencia de ácido nucleico que compone el genoma de un virus, incluso sin purificarlo ni aislarlo. Sí, el SARS-CoV-2 también ha sido secuenciado en multitud de ocasiones. Y uno de los primeros en conseguirlo fue este señor:

 Zhang Yongzhen, virólogo y profesor experto en virus. A él le debemos el descubrimiento —y la posterior publicación— de la secuenciación completa del SARS-CoV-2, el 5 de enero de 2020

https://twitter.com/christianperez/status/1538136548331364353 

De hecho, el análisis de secuencias mostró que las secuencias del genoma de virus de distintos pacientes están muy conservadas, lo que implicaría que el virus humano evolucionó recientemente.

Los primeros en publicar la secuencia del SARS-CoV-2 fue el laboratorio de Shanghái, concretamente el 19 de enero de 2020. Lo hicieron a través de una base de datos pública. Luego le siguió el CDC de China.

https://virological.org/t/preliminary-phylogenetic-analysis-of-11-ncov2019-genomes-2020-01-19/329

En GenBank es posible encontrar algunos ejemplos de secuencias completas del SARS-CoV- 2 publicadas en los meses de febrero de 2020 (de pacientes de Wuhan) 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MT019532

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MT560525.1

4 de junio de 2020 en 'Microbiology', informaba de la secuenciación completa del genoma de una cepa de SARS-CoV-2 que había sido aislada en el norte de Alemania

https://journals.asm.org/doi/10.1128/MRA.00520-20

el Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas de Estados Unidos llegó a publicar imágenes, a través de Flickr, de partículas aisladas de SARS-CoV-2.

https://www.flickr.com/photos/niaid/albums/72157712914621487/with/49645120251/   

Los cultivos del coronavirus, para su investigación, únicamente pueden estar en laboratorios de bioseguridad nivel 3, que ofrecen la posibilidad de manejar agentes biológicos causantes de enfermedades infecciosas potencialmente peligrosas. 

https://twitter.com/christianperez/status/1586048823503499265