Bioinformática estructural de macromoléculas 4 horas versión 1.0 -Algoritmos en bioinformática estructural ©Bruno Contreras-Moreira

Bioinformática estructural de macromoléculas 
4 horas

versión 1.0 

©Bruno Contreras-Moreira 

• Presentación
• Fundamentos de estructura de macromoléculas
  • Papel biológico de las macromoléculas: relación entre estructura y función
  • Componentes y enlaces
    • El enlace peptídico y los aminoácidos
    • El enlace fosfodiéster y los nucleótidos
    • Interacciones no covalentes en las macromoléculas
  • Análisis jerárquico de la estructura de macromoléculas
    • Estructura primaria
    • Estructura secundaria
    • Estructura terciaria y cuaternaria
  • Métodos experimentales para el estudio de la estructura y dinámica de macromoléculas
• Plegamiento y dinámica de macromoléculas
  • Plegamiento y desnaturalización
  • Fuerzas que influyen en el proceso de plegamiento de macromoléculas
  • Complejidad algorítmica del plegamiento
  • Paradoja de Levinthal
  • Aproximaciones a la velocidad de plegamiento de proteínas
• Algoritmos de dinámica molecular y plegamiento
  • Modelos bidimensionales de plegamiento de proteínas
  • Modelos tridimensionales de dinámica molecular
  • Modelos aproximados más rápidos y sencillos
• Sesión de demostración práctica
  • Ejercicio con herramientas web
  • Soluciones
  • Ejercicio de programación
  • Soluciones
• Material adicional en Internet
• Bibliografía
• Sobre este documento...

Algoritmos en bioinformática estructural

©Bruno Contreras-Moreira 
http://www.eead.csic.es/compbio 

Tras un breve repaso de fundamentos bioquímicos, este material presenta y analiza unos cuantos algoritmos básicos para el estudio de la estructura molecular de proteínas y ácidos nucleicos. Al igual que en muchos libros de texto, iremos introduciendo problemas (y estrategias para resolverlos) desde el nivel de estructura primaria al nivel de estructura cuaternaria. A lo largo del curso encontraréis referencias a artículos que profundizan sobre aspectos particulares de cada tema, junto con ejemplos y ejercicios que a veces requieren de ciertos conocimientos de programación (en Perl y Python). Si tuviese que recomendar un libro de texto como acompañamiento para este material sería posiblemente Structural Bioinformatics: An Algorithmic Approach . En español, el texto Bioinformática con Ñ contiene varios capítulos que pueden ser muy buen complemento para este material.

Puedes descargar este material en formato PDF en Digital.CSIC y los ejemplos y programas del curso en la carpeta code.

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• TEORÍA: Fundamentos de estructura de macromoléculas
  • Papel biológico de las macromoléculas: relación entre estructura y función
  • Componentes y enlaces
    • El enlace peptídico y los aminoácidos
    • El enlace fosfodiéster y los nucleótidos
    • Interacciones no covalentes en las macromoléculas
  • Análisis jerárquico de la estructura de macromoléculas
    • Estructura primaria
    • Estructura secundaria
    • Estructura terciaria y cuaternaria
    • Estructura 3D de la cromatina
  • Métodos experimentales para el estudio de la estructura y dinámica de macromoléculas
• TEORÍA: Plegamiento y dinámica de macromoléculas
  • Plegamiento y desnaturalización
  • Fuerzas que influyen en el proceso de plegamiento de macromoléculas
  • Complejidad algorítmica del plegamiento
  • Paradoja de Levinthal
  • Aproximaciones a la velocidad de plegamiento de proteínas
  • Algoritmos de dinámica molecular y plegamiento
    • Modelos bidimensionales de plegamiento de proteínas
    • Modelos tridimensionales de mecánica molecular
    • Modelos aproximados
  • Foldit: jugando a plegar proteínas
• Estructura primaria o secuencia
  • Estabilidad y deformación de un dúplex de ADN: predicción de promotores
  • Diseño de primers para PCR
• Estructura secundaria
  • Estructura secundaria de RNA
  • (Des)estructura secundaria de proteínas
• Estructura terciaria
  • Relación entre estructura primaria y terciaria
  • Comparación de estructura terciaria entre proteínas
  • Protein fold recognition
  • Modelado de proteínas por homología
  • Modelado de proteínas por predicción de contactos
  • Mutaciones puntuales de proteínas
• Estructura cuaternaria
  • Interfaces moleculares
  • Optimización de cadenas laterales en interfaces
  • Modelando nucleótidos dentro de una doble hélice de DNA
  • Interacciones no covalentes: puentes de hidrógeno en la interfaz
  • Modelando interfaces moleculares por homología
  • Modelando interfaces moleculares mediante docking
• Apéndices
  • Muestra de R Markdown para tus trabajos
• Bibliografía
• Sobre este documento...
• http://eead-csic-compbio.github.io/bioinformatica_estructural/